Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000141`

染色体: Chr04 坐标: 1205391-1208631 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000141`
名称	SmilChr04G000141
描述	probable receptor-like protein kinase At1g11050
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1205391 - 1208631 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022070`
GeneID	`131022070`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022070`
原始查询	`SmilChr04G000141`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable receptor-like protein kinase At1g11050
产物	probable receptor-like protein kinase At1g11050
Arabidopsis	`AT1G11050` (AT1G11050) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837646] identity=54.4; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0423500` - identity=47.9; qcov=0.966; evalue=5.57e-175; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF19160 (SPARK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057807433.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807433.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807433.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807433.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807433.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1205686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B62,B75
`Chr4:1205706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr4:1205906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr4:1205962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B74,B97,C28,C40
`Chr4:1206014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr4:1206101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C13,C28,D2
`Chr4:1206110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C1
`Chr4:1206158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr4:1206179`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B82
`Chr4:1206179`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B82
`Chr4:1206230`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr4:1206574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807433.1

614 aa

307

614

SPARK

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF19160 SPARK 28-194 aa PF00069 Pkinase 315-519 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 317-516 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807433.1`	Pfam	`PF19160`	SPARK	Domain	28	194	2.9e-35	122.7	SPARK
`XP_057807433.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	315	519	2e-42	146.1	Protein kinase domain
`XP_057807433.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	317	516	3e-40	138.9	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951450.1
AACTTATAACAATATTTTATTTTAGTTACAACAATAGGGATGGTTTCGATATGTGATGTTTTGTTTGTGCGTGTCGTTGCCACTAAATGAAGATGCTACGAAATTAGAAAGAGCAGAAGTTGACTTGACGAAATGGCCGTTTGCTGTGTATATGGGCCACAGTAGCAAGAAATTTCTCAGAAGATATTTCTACACACAACGCCGACGTCCCTATCAATCCAATCTCCCACTTTCTTCTTTGACTCACACAAAAATCTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022070
ATGAAGATGAAGATGAAGATGAAGATGAAGATGATGATCCTCACTCATCTCTTGATGATTTTGGTGTATGGCTTACGTGGATCATCATCATCGTCATGCCCTCTCAATCTGGACTACGTGGCAACAATCCCATGGGACACCTCTGCTTGCAGAAGCTCTTCCTCTTTGGCTTCGACCAACTGCTGCCAGACGCTGACGAGCCTCTACGGCGTCGGCTTCGCGCAGCACCTGCGCAACACCTCCCTCTTCCGGGTGCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807433.1
MKMKMKMKMKMMILTHLLMILVYGLRGSSSSSCPLNLDYVATIPWDTSACRSSSSLASTNCCQTLTSLYGVGFAQHLRNTSLFRVPDLETAASCLSGFQAELARLGLRPGLAEACLGPPHRFVNTTDVCAGVRTRRDYWAALLGGGGGAAPLDRDCRGDLSDLAACDACVVAGFRAQSRLLALDGNISRSTGCFHYTILYAAGVVNELGPRSAGALSCIFGLPLIGGGGGGGGGGGDRSLVLASVGAGFSAVVAACVVGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器