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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000144

染色体: Chr04 坐标: 1248845-1259176 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000144
名称SmilChr04G000144
描述potassium channel AKT2/3
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1248845 - 1259176 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022074
GeneID131022074
locus_tag-
NCBI NameLOC131022074
原始查询SmilChr04G000144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium channel AKT2/3
产物potassium channel AKT2/3
ArabidopsisAT4G22200 (KT2/3)
potassium transport 2/3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828311]
identity=62.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0428700 (OsAKT2)
-
identity=58; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005249 (voltage-gated potassium channel activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006813 (potassium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans); PF07885 (Ion_trans_2); PF11834 (KHA); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807439.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057807439.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057807439.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807439.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807439.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1249048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B104
Chr4:1249125 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B72,C45
Chr4:1249125 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B72,C45
Chr4:1249177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr4:1251133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr4:1251166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr4:1253762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C48
Chr4:1253862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:1253891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr4:1254528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:1254555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B33,C48,D9
Chr4:1254573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807439.1
809 aa
N
1
404
809
Ion_trans
Ion_trans_2
cNMP_binding
Ank_2
Ank_4
Ank_5
Ank_3
Ank
Ank_2
Ank_4
Ank
KHA
C
PF00520 Ion_trans 67-316 aa PF07885 Ion_trans_2 252-310 aa PF00027 cNMP_binding 407-491 aa PF12796 Ank_2 537-616 aa PF13637 Ank_4 545-583 aa PF13857 Ank_5 549-600 aa PF13606 Ank_3 563-589 aa PF00023 Ank 563-593 aa PF12796 Ank_2 634-687 aa PF13637 Ank_4 635-680 aa PF00023 Ank 659-687 aa PF11834 KHA 737-808 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807439.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 67 316 1.1e-45 156.4 Ion transport protein
XP_057807439.1 Pfam PF07885 Ion_trans_2 Family 252 310 2.4e-14 53.7 Ion channel
XP_057807439.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 407 491 1.6e-13 51.1 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057807439.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 537 616 7.8e-24 84.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057807439.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 545 583 2.5e-15 56.9 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057807439.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 549 600 1.5e-17 64.2 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057807439.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 563 589 7.2e-09 35.8 Ankyrin repeat
XP_057807439.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 563 593 9.6e-19 67.2 Ankyrin repeat
XP_057807439.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 634 687 7.8e-24 84.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057807439.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 635 680 2.5e-15 56.9 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057807439.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 659 687 9.6e-19 67.2 Ankyrin repeat
XP_057807439.1 Pfam PF11834 KHA Family 737 808 6.6e-21 74.8 KHA, dimerisation domain of potassium ion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951456.1
ATTATTTGTCTCTTCACCACACCATTATCATACCATTTCTACCACTCATACACTAATATATATATTTATATAAGTTTATATATATAATGAGCTCTCCCCATCCCTTCCTGCTTCCTCTTTCCTAAATGCTTTTTAACTTGTATTTGTTTCCTTGAGAAACAAAATTTATAAGAGAGAGAGAGAGAGTTGAAAAATGGATGGGAGTTTTGGTTGGTGTAGTCACAAATCAAATTCCAACAAGAACAAAGAAGGCCATGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022074
ATGGATGGGAGTTTTGGTTGGTGTAGTCACAAATCAAATTCCAACAAGAACAAAGAAGGCCATGAAGAAGTGAGTTCTTCATCTGAGGAACTAAGTTTCAAGAATCTATCAAAGCTTGTTGTTCCACCACTGGGTGTTTCAGGTTACAGTAGCTACAATGTTACTAATGGAAGAATCATCTCTCCAATGGATACAAGATACCGGTGTTGGGAGACATTGATGGTAGTGATGGTGGTGTACTCGGCGTGGGTATGCCCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807439.1
MDGSFGWCSHKSNSNKNKEGHEEVSSSSEELSFKNLSKLVVPPLGVSGYSSYNVTNGRIISPMDTRYRCWETLMVVMVVYSAWVCPFEIAFLNSKPSPPLYIADNIVDIFFALDIILTFFVAYIDSTTQLLVLDSKKIAKRYISTWFIMDVASTIPFETIAFFITGKHHADVSYSVLGMLRFWRLRRVKCFFTRIEKDIRFSYFWVRCARLLFVTLLQAHFAACLAYLLAVQYPDEGNTWIGSAIPNFKETSLWVRYISA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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