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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000160

染色体: Chr04 坐标: 1390228-1390829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000160
名称SmilChr04G000160
描述uncharacterized SmilChr04G000160
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1390228 - 1390829 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021106
GeneID131021106
locus_tag-
NCBI NameLOC131021106
原始查询SmilChr04G000160

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]; symbol=AT4G28310; hit=AT4G28310; species=arabidopsis; confidence=medium
产物microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]; symbol=AT4G28310; hit=AT4G28310; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G28310 (AT4G28310)
microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]
identity=53.1; qcov=0.703; evalue=8.44e-39; confidence=medium
RiceOs06g0115700 (OSJNBa0019F11.18-1)
-
identity=71.6; qcov=0.4; evalue=1.49e-31; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806179.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057806179.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806179.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806179.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806179.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1390369 TC * 1bp_deletion CDS_variant 1 A3
Chr4:1390405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B41,C57
Chr4:1390411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B130,B89,C64,C66
Chr4:1390415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B86
Chr4:1390416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr4:1390457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B125,B76
Chr4:1390459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:1390464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B134,B62,B70,B8
Chr4:1390474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C59
Chr4:1390483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B28,B77
Chr4:1390486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,C53,C58,C78
Chr4:1390488 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 C32,C68,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950196.1
CCAGCGGCGCCTCCTCGTCGCCACCTCCCTCACTCCCCGGCGATATGGTTGTGGCATTAGGTCCGGGAAAGTTCTACGGCAGCAGCCTGCCGCGGCCGCGCTTCTACACCGACGTCAAATTCAACGAAGAGAGGGTGGATCCGCCGCCCTCCGTCACGGATCCGCTCATGGCGTGGGCGGAGGAGGCGCACTGGTCCATGGGCGGCCTCAACGTCAAGCGCCACCGCCTCCAGGGCCGCATCGAGGGCAACGTCGAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021106
ATGGTTGTGGCATTAGGTCCGGGAAAGTTCTACGGCAGCAGCCTGCCGCGGCCGCGCTTCTACACCGACGTCAAATTCAACGAAGAGAGGGTGGATCCGCCGCCCTCCGTCACGGATCCGCTCATGGCGTGGGCGGAGGAGGCGCACTGGTCCATGGGCGGCCTCAACGTCAAGCGCCACCGCCTCCAGGGCCGCATCGAGGGCAACGTCGAGAGCCTCCGCGTGCAGCGGGAGCAGATCTTCAAGAGATCCCCAATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806179.1
MVVALGPGKFYGSSLPRPRFYTDVKFNEERVDPPPSVTDPLMAWAEEAHWSMGGLNVKRHRLQGRIEGNVESLRVQREQIFKRSPIPNKSVKKPAASRRQEDEIDKTPSPPRAPVAIKRRRVVGLLDEDEEEEVVAAKRGRGGGRLGLRWWLPRWWKIGAAVVEDWGCGGGCRGGGRERGKRRNW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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