Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000174`

染色体: Chr04 坐标: 1571905-1573135 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000174`
名称	SmilChr04G000174
描述	trihelix transcription factor ENAP1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1571905 - 1573135 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022105`
GeneID	`131022105`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022105`
原始查询	`SmilChr04G000174`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	trihelix transcription factor ENAP1-like
产物	trihelix transcription factor ENAP1-like
Arabidopsis	`AT2G44730` (AT2G44730) Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819080] identity=37; qcov=1.23; evalue=2.07e-58; confidence=medium
Rice	`Os10g0564200` - identity=37; qcov=0.989; evalue=1.2e-36; confidence=medium
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF10545 (MADF_DNA_bdg); PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807485.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807485.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807485.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807485.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807485.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1572351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C61
`Chr4:1572370`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B3
`Chr4:1572373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:1572378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr4:1572379`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr4:1572383`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr4:1572395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C28,C45,D11
`Chr4:1572409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B39
`Chr4:1572419`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C55
`Chr4:1572421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C23
`Chr4:1572422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B49,B76
`Chr4:1572438`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,B64,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807485.1

268 aa

134

268

Myb_DNA-bind_4

MADF_DNA_bdg

PF13837 Myb_DNA-bind_4 36-127 aa PF10545 MADF_DNA_bdg 58-125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807485.1`	Pfam	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	Domain	36	127	5.2e-19	69.1	Myb/SANT-like DNA-binding domain
`XP_057807485.1`	Pfam	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	Domain	58	125	7.5e-09	36.5	Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951502.1
TTTATTTATTTTAATTAAAACGCCATCCAACTCTGAAAAGAATTATCCATTGAATTAGAATTAGAAATGCGGAAATGCACGCCACCGCTAATGGTGAGAACCGCCGCCGCCACCGCCACCGCCGCCGCCGCCTCCACTTTAAAAGATTTGAATGAGAAAATACGAAAGCAGCCCCCACCTTTCACGCAGCCACCTCCTTAGGCGGTGGCCTCTCATCCGCCTGCCGCCCCGCCACTTTAACAACCCCTACCCCACCCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022105
ATGGCTACGATCATCTCCCCATCCTCCCCCGACGACATCCCCACCGCCACGCTCGCCCTCCCCACCGTCGCCGCCGCCGCCCCCGCGCCCCGGCGCCTCCCCCCGCCGTGCTGGAGCCCCGAGGAGACCGTCGCCCTCATCGACGCCTACAAGGACAAGTGGTACTCCCTCCGCCGCGGTAACCTCCGCGGCAACCACTGGCAGGAGGTCGCCGACGACGTGGCGTCGCGGTGCCCCGCCGTCCCGCCCAAGACCTCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807485.1
MATIISPSSPDDIPTATLALPTVAAAAPAPRRLPPPCWSPEETVALIDAYKDKWYSLRRGNLRGNHWQEVADDVASRCPAVPPKTSVQCRHKMEKLRKRYRAEIQRSSSGARRSASSWAHFHNMHSMEKGSDPTPPPSSSSDEDEDTKTNSVKRINDLYNRHTNGSGSTSTPGVRIKMPGAASTNPNPNPRIIPPNSSSGGKSVVEAIQALGEGFMRMEKMKMEMAQQIEEMRMEMELKRTEMILDSQHRIVDAFARAIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器