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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000176

染色体: Chr04 坐标: 1581190-1584014 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000176
名称SmilChr04G000176
描述cytochrome P450 714C2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1581190 - 1584014 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022104
GeneID131022104
locus_tag-
NCBI NameLOC131022104
原始查询SmilChr04G000176

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 714C2-like
产物cytochrome P450 714C2-like
ArabidopsisAT5G24910 (CYP714A1)
cytochrome P450, family 714, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832560]
identity=46; qcov=1.01; evalue=4.19e-167; confidence=high
RiceOs12g0119000 (CYP714C2)
-
identity=49.8; qcov=1.01; evalue=1.15e-178; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057807484.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057807484.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807484.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807484.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807484.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1581364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C59
Chr4:1581611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:1581711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr4:1581848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:1582028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr4:1582154 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 6 B12,B33,B56,B69,B96,C58
Chr4:1582156 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B12,B33,B56,B69,B96,C58
Chr4:1582163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C52
Chr4:1582172 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A11,A4,B101,B104,B106,B115,B125,B127,B15,B19,B20,B33,B42,B43,B46,B53,B57,B7,B83,B90,B92,C16,C21,C31,C36,C48,C59,C62,C74,C78,C87,D11,D7
Chr4:1582323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B49
Chr4:1582343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr4:1582423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807484.1
523 aa
N
1
262
523
p450
C
PF00067 p450 92-502 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807484.1 Pfam PF00067 p450 Domain 92 502 1.5e-78 265.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951501.1
TTCTTTTTTTCTTTTTTGGGTTTAGAAAGGAGTGAAGAGTTGGAGAGAGAAAGTAGCAGAAAACCACAAAACTTCCCTCTGTAATTATAAATGGCAGAAACAACAGTCAACAGAGCTTCTGCAATTCCAACAAATAGCTGTATATCAACCTACAGTTTCTACAATGGAGGAATCCATGATCATTGCGGCGCAGATGCTTCTGTCTATACTTTTGGGAGCTCTGTTTATAGTTATTGCATATGTCTTCGACGCTTCAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022104
ATGGAGGAATCCATGATCATTGCGGCGCAGATGCTTCTGTCTATACTTTTGGGAGCTCTGTTTATAGTTATTGCATATGTCTTCGACGCTTCAATCTCGAGACCACGACGATTGAGATCGGGAATTGTGAAGCAAGGGATCAGAGGTCCTGTTCCTTCAATTTTGTACGGCAACATACCTGAAATAAAACGAATCGCCGAATCTCTGAAGCCGATGGAGAAAAGATCCCCAGATAAAATGGTGCATGATTGGTTCCCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807484.1
MEESMIIAAQMLLSILLGALFIVIAYVFDASISRPRRLRSGIVKQGIRGPVPSILYGNIPEIKRIAESLKPMEKRSPDKMVHDWFPAVFPHLEQWRNEYGATFLYSTGAIQLLCVTDAEMVKEMILCTSLNLGKPSYLSTERGPLLGRGILSSNGPYWAYQRKIIAPEFYLERVKGMVSLMVESTAAMLKSWETKAEDSGGKVEITVDEDFRSLSADIISRACFGRNYVQGGKICSMLQSLQRVMSRGNIGVPGMRHLPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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