当前解析结果
SmilChr04G000176| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000176 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000176 |
| 描述 | cytochrome P450 714C2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 1581190 - 1584014 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022104 |
|---|---|
| GeneID | 131022104 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022104 |
| 原始查询 | SmilChr04G000176 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 714C2-like |
| 产物 | cytochrome P450 714C2-like |
| Arabidopsis | AT5G24910 (CYP714A1)cytochrome P450, family 714, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832560] identity=46; qcov=1.01; evalue=4.19e-167; confidence=high |
| Rice | Os12g0119000 (CYP714C2)- identity=49.8; qcov=1.01; evalue=1.15e-178; confidence=high |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022104 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057807484.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057807484.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807484.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807484.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807484.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:1581364 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C59 |
Chr4:1581611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:1581711 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr4:1581848 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:1582028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr4:1582154 |
A |
AGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B12,B33,B56,B69,B96,C58 |
Chr4:1582156 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B12,B33,B56,B69,B96,C58 |
Chr4:1582163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C52 |
Chr4:1582172 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 33 | A11,A4,B101,B104,B106,B115,B125,B127,B15,B19,B20,B33,B42,B43,B46,B53,B57,B7,B83,B90,B92,C16,C21,C31,C36,C48,C59,C62,C74,C78,C87,D11,D7 |
Chr4:1582323 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B49 |
Chr4:1582343 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr4:1582423 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807484.1PF00067
p450 92-502 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807484.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 92 | 502 | 1.5e-78 | 265.3 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。