Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000184`

染色体: Chr04 坐标: 1631855-1635735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000184`
名称	SmilChr04G000184
描述	metacaspase-1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1631855 - 1635735 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022112`
GeneID	`131022112`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022112`
原始查询	`SmilChr04G000184`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	metacaspase-1
产物	metacaspase-1
Arabidopsis	`AT1G02170` (MC1) metacaspase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839561] identity=77.2; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0565100` - identity=75.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00656 (Peptidase_C14); PF06943 (zf-LSD1); PF31181 (Pept_C14_Metacaspase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022112

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807496.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057807496.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057807496.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807496.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807496.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1633464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B129
`Chr4:1633658`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr4:1634527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B55,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807496.1

365 aa

182

365

zf-LSD1

Peptidase_C14

Pept_C14_Metacaspase

PF06943 zf-LSD1 7-31 aa PF00656 Peptidase_C14 76-352 aa PF31181 Pept_C14_Metacaspase 77-226 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807496.1`	Pfam	`PF06943`	zf-LSD1	Domain	7	31	5.9e-12	46.0	LSD1 zinc finger
`XP_057807496.1`	Pfam	`PF00656`	Peptidase_C14	Domain	76	352	9.7e-39	134.1	Caspase domain
`XP_057807496.1`	Pfam	`PF31181`	Pept_C14_Metacaspase	Domain	77	226	2.6e-58	197.6	Metacaspase, peptidase C14 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951513.1
ATCCAAATAGAGGGTGGCAGAAAAAAGAATAATGCTGAAAGAGGACATAAAAACGCGTATGAAAAAATATTATCATTACCTTGAGAAAAAAGAAAAAAAAAACACGTGATTTTCAACGCAAATAAAATCAATCATCGCTTAAAATCTCCACCAGAGTTCTCCTCTTCCGCCGCCTCGATATCTCCGTCCAGTCTCTCCGGCGGCCGTCAATTTTGCCAATCCCGGCGACCATGTACATGCTCGTCAACTGCTCTAATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022112
ATGTACATGCTCGTCAACTGCTCTAATTGCCGCACCCCATTGCAGGTGCCGCCCGGCGCGCCTTCGATCCGATGCGCTATTTGCCAGGCAATCACCGCCGTCGCCGATCCGCGCCACGCGCCGCCGCCTGCCCAGCCTTCTCCTTACTCCCACGCGTCGCCGCCCCCTCCTCAGCCGTCTCCTTATTCCCACGCCCCGCCCGGTCCGCCGCCCAACCCTCACGGCCGTAAGAAGGCGGTGATCATCGGAATTTCGTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807496.1
MYMLVNCSNCRTPLQVPPGAPSIRCAICQAITAVADPRHAPPPAQPSPYSHASPPPPQPSPYSHAPPGPPPNPHGRKKAVIIGISYKFSRHELKGCINDAKCMKHLLINKFRFPESSILMLTEEETDPYRIPTKQNMRMALFWLVQGCQPGDSLVLHYSGHGSRQRNYNGDEVDGYDETLCPLDFETQGMIVDDEINASIVRPLPHGAKLHAIIDACHSGTVLDLPFLCRMSRSGQYVWEDHRPRSGVWKGSNGGEVISF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器