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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000191

染色体: Chr04 坐标: 1702351-1705399 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000191
名称SmilChr04G000191
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL19
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1702351 - 1705399 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022120
GeneID131022120
locus_tag-
NCBI NameLOC131022120
原始查询SmilChr04G000191

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL19
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL19
ArabidopsisAT5G47070 (AT5G47070)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834753]
identity=57; qcov=0.969; evalue=1.35e-156; confidence=high
RiceOs06g0714900 (OsRLCK218)
-
identity=61.5; qcov=0.861; evalue=3.44e-158; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807508.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057807508.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807508.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807508.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1703205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:1704704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B61,C41
Chr4:1704803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B8,B80,C31,C59
Chr4:1704995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B80,C31,C59
Chr4:1704999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B18
Chr4:1705040 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 55 A13,A18,A21,A9,B100,B101,B110,B117,B12,B124,B128,B129,B13,B134,B139,B140,B16,B18,B23,B33,B46,B6,B63,B68,B77,B8,B80,B88,B97,B99,C2,C22,C27,C3,C31,C35,C36,C37,C39,C42,C5,C50,C51,C56,C59,C6,C67,C70,C72,C77,C81,C83,D1,D3,D5
Chr4:1705043 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 54 A13,A18,A21,A9,B100,B101,B110,B117,B12,B124,B128,B129,B13,B134,B139,B140,B16,B18,B23,B33,B46,B6,B63,B68,B77,B8,B80,B97,B99,C2,C22,C27,C3,C31,C35,C36,C37,C39,C42,C5,C50,C51,C56,C59,C6,C67,C70,C72,C77,C81,C83,D1,D3,D5
Chr4:1705072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr4:1705098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr4:1705148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B138,B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807508.1
425 aa
N
1
212
425
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 78-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 82-359 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807508.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 78 357 1.5e-47 163.0 Protein kinase domain
XP_057807508.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 82 359 2.1e-44 152.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951525.1
TTTTTTTTTTGAAGAGAAAAAAATGGATTCTTTTTTATGGTAAGGATATTTATTTACTATTTTTGATGCATTCACACATCACATATGGTATTTTAATGTGGTAAAATTGGATGGGATTTGTATATTTTCCGTACGAAATTGTGGAAATTGTATTCTCTTTCTCTACCTTGAAATGGAATCCTCTTTTTTCAATGCTCTCACCTAATTCTACATTTCTTCGTCGCTGCTTCCCTATCAATTATCAAAGATTTTGAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022120
ATGAAGTGTTTCAATCAATTCAAGGATAGAAGTAAAATTAGGTTACAGAAATCAGCGCCGACATGGAAAAACCAGAGCAAATTTGACATATCGGAATCTGAGAGGGCCACCCAGTCATCCTGTCCGGCTCCGGCAACGCCGCCGCGCGGAATCACTGAGATATACGAAGAGAAAGCACAGAATTTGAGAGTGTTTACATTTGCTGAACTAAAGCAAGCGACTAATAACTTCAATAGATTGCTCAAGATCGGTGAAGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807508.1
MKCFNQFKDRSKIRLQKSAPTWKNQSKFDISESERATQSSCPAPATPPRGITEIYEEKAQNLRVFTFAELKQATNNFNRLLKIGEGGFGCVYKGTIKPLEGNPGHSMIVAIKKLNRDGCQGHKQWVAEVQLLGVVDHSNLVRLIGYCAVDGERGIQRLLVYEYMPNKSLEDHIFSRAGPVLSWELRLEIMLGAAEGLAYLHEELEIQVIYRDFKSSNILLDEDFKAKLSDFGLAREGPTAGHTHVSTAVVGTHGYAAPDY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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