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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000199`

染色体: Chr04 坐标: 1783883-1785322 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000199`
名称	SmilChr04G000199
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1783883 - 1785322 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022127`
GeneID	`131022127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022127`
原始查询	`SmilChr04G000199`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like
Arabidopsis	`AT3G60220` (ATL4) TOXICOS EN LEVADURA 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825192] identity=47.7; qcov=0.866; evalue=2.42e-78; confidence=high
Rice	`Os04g0586700` - identity=35.8; qcov=0.757; evalue=6.03e-27; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057807521.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807521.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807521.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807521.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807521.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1784231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B59,B72,C45,C75
`Chr4:1784242`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C70
`Chr4:1784242`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C70
`Chr4:1784619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B17,B28,B45,B8
`Chr4:1784781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B51,C44,D5
`Chr4:1784837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B46,C53
`Chr4:1784840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B46,C53
`Chr4:1784876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C36,D3
`Chr4:1784907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B69,C26,D4
`Chr4:1785055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807521.1

358 aa

179

358

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 133-162 aa PF13639 zf-RING_2 133-176 aa PF00097 zf-C3HC4 134-175 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807521.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	133	162	3.9e-09	36.8	RING-like zinc finger
`XP_057807521.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	133	176	6.3e-13	49.5	Ring finger domain
`XP_057807521.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	134	175	8.5e-05	23.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951538.1
ATTTATCAGTTCCTTAACTCCTCCACCGGTGGCAACAATAAATACCTCCGCCCCCATCACCATCTCCCTTTCTCTCTCTAAACATGCTCTAATCCAAACAAAAACCCTCGCTTTCTCTCTCTTAAAATCCCCCCACTCTGATTCTATGTCCGCCCAGCCGCCGCCCACGACCATCTTCGACGGCGGCTCCTCCTCCGTCATCACGCAAATGCCACAGCTGCCGCCGCCCTACACGGACAGGCCATCGCCTTCTTCCCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022127
ATGTCCGCCCAGCCGCCGCCCACGACCATCTTCGACGGCGGCTCCTCCTCCGTCATCACGCAAATGCCACAGCTGCCGCCGCCCTACACGGACAGGCCATCGCCTTCTTCCCGATCCTCCTCCTCGTCCGACGACGTCTCGTCGTCTTCGATAGTCATAGTCATTATCATCATCGCCTCCGCCGTCATCATCTCCGCCTCCATCTACCTCCTCCTCCGGCTCCTCTCCAAGCGCATCCATCGCAGCTTCTCCGCCGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807521.1
MSAQPPPTTIFDGGSSSVITQMPQLPPPYTDRPSPSSRSSSSSDDVSSSSIVIVIIIIASAVIISASIYLLLRLLSKRIHRSFSAADDVVLRRDSSSQNPSQPQCHAAPPDALLDSLPVFTFRSVTGNLTGGDCAVCLSKFEPHDQLRLLPICCHAFHATCIDAWIVSNQTCPLCRSPVIVSDSEVFDKILPNPNRGAGAGGFRDGNGNSGSFRIEIGSISRRRGGGAPELAEGERRSYSIGSFEYIVDDSGYEVAAGSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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