Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000200

染色体: Chr04 坐标: 1790354-1792167 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000200
名称SmilChr04G000200
描述uncharacterized SmilChr04G000200
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1790354 - 1792167 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022128
GeneID131022128
locus_tag-
NCBI NameLOC131022128
原始查询SmilChr04G000200

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述ferredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839543]; symbol=AT1G02180; hit=AT1G02180; species=arabidopsis; confidence=high
产物ferredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839543]; symbol=AT1G02180; hit=AT1G02180; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G02180 (AT1G02180)
ferredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839543]
identity=58.1; qcov=0.754; evalue=7.36e-72; confidence=high
RiceOs02g0834300
-
identity=46.2; qcov=0.759; evalue=1.4e-50; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022128

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807522.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807522.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807522.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807522.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807522.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1790540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,C31,C40
Chr4:1790571 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 6 B11,B42,B43,C31,C37,C40
Chr4:1790578 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B126,C20
Chr4:1790578 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B126,C20
Chr4:1790592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:1790675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C30
Chr4:1790686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:1791816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B100,C12,C36,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951539.1
AAAAAGAAAGCAATCAAGGGAAGGGGTATCCAATCTGGGCCCACCACCGCTATCTTTTTGTCCTAAATCCACTCCACATTCTTCCTTTCATTCTCCCACTTTTCTTCTTTTCAAGATACAACTATCCCCCATTTTCTTCCCCTCCCATTTAATATAATCTCCAATGCTGCCATTCTTGGAAAAAAAATATTCCTTTTTGAGCTCATCACTCTGTTTTTCTAGTCTCAGAAAAAGAAACCCAACTTTCTTGAACCTTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022128
ATGGTGATGAAGGCCCTTAAGTTTTGCTGCACCTTTCACTTGACTGTTCTCTGTTACTTTCTTCTGCAACCACTTTTTGTTTGCTCCAAGAATCATGGAAATGCTGCTAATGACCTTCTTGACATCATCAACAACAATCGAACGTCCCAGAAGCTTCCCAAGTTAAGCAGCAGTCGAGGCCTCGGGTGCATTGCTCTGCAGTATGCACAAGAATGCAAGGGCAACTGCAGCAGCAACAATACCATCCATTGTCAGCCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807522.1
MVMKALKFCCTFHLTVLCYFLLQPLFVCSKNHGNAANDLLDIINNNRTSQKLPKLSSSRGLGCIALQYAQECKGNCSSNNTIHCQPLEDDFTEVFAPNCGVELPTFGTISGLILGCHQKYLQPHEAFPNVLVQDQKTLSLLRNKTITEAGVGIIGSHKHKGPYIWCVLFSNSPTNSTFVLEDLGEGIEQKRGCYSGATLPCSAGHKNSGLVLNTLILLFIIYSSSLLW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器