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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000201

染色体: Chr04 坐标: 1792671-1795130 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000201
名称SmilChr04G000201
描述10 kDa chaperonin 1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1792671 - 1795130 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022129
GeneID131022129
locus_tag-
NCBI NameLOC131022129
原始查询SmilChr04G000201

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述10 kDa chaperonin 1, chloroplastic
产物10 kDa chaperonin 1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G60210 (AT3G60210)
GroES-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825191]
identity=66.9; qcov=1.01; evalue=3.13e-62; confidence=high
RiceOs10g0566700 (OSJNBa0057L21.3)
-
identity=74.8; qcov=0.736; evalue=2.21e-52; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00166 (Cpn10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057807523.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057807523.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807523.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807523.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807523.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1794250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B59,C26,C57
Chr4:1794271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B72,C45,C48,C75
Chr4:1794409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B61,C82
Chr4:1794570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807523.1
140 aa
N
1
70
140
Cpn10
C
PF00166 Cpn10 53-139 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807523.1 Pfam PF00166 Cpn10 Domain 53 139 1.2e-16 61.2 Chaperonin 10 Kd subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951540.1
TGAGAAGAAAACCTGCATTTTGGTTAGAACTGCAGTACTAGCACCACAGCCTACAGTACAATACCTTCATTTGTCGATAGTTTCTCTCACTTGCTTATCCATGGCGTCTTCTTTCGTTACCCTATCTAAGCCCTTCGCTTCTCACACACCGAAATTCTCCTCGTTCTCCACCGCTCCAGCAGTTGGGGGATTTTCCGTAGGTCTTCAGAGGAGCTCTTTGAAAGTGAATGCGATTTCCACGAAATACGAACCCTCTAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022129
ATGGCGTCTTCTTTCGTTACCCTATCTAAGCCCTTCGCTTCTCACACACCGAAATTCTCCTCGTTCTCCACCGCTCCAGCAGTTGGGGGATTTTCCGTAGGTCTTCAGAGGAGCTCTTTGAAAGTGAATGCGATTTCCACGAAATACGAACCCTCTAAGGTTGTGCCGCAAGCTGACAGAGTTCTGATTCGTCTCGAGGTTCTACCCGAGAAATCGGCTGGGGGAGTTTTGTTACCAAAGTCTGCAGTTAAGTTTGAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807523.1
MASSFVTLSKPFASHTPKFSSFSTAPAVGGFSVGLQRSSLKVNAISTKYEPSKVVPQADRVLIRLEVLPEKSAGGVLLPKSAVKFERYLVGEVVSVGTEAKEVETGKKVLFSDINAYEVELGTEERHCFCKASDLLAVVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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