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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000208

染色体: Chr04 坐标: 1850725-1851621 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000208
名称SmilChr04G000208
描述uncharacterized SmilChr04G000208
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1850725 - 1851621 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021114
GeneID131021114
locus_tag-
NCBI NameLOC131021114
原始查询SmilChr04G000208

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819068]; symbol=AT2G44600; hit=AT2G44600; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819068]; symbol=AT2G44600; hit=AT2G44600; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G44600 (AT2G44600)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819068]
identity=38.6; qcov=1.15; evalue=6.56e-49; confidence=medium
RiceOs02g0689500
-
identity=34.6; qcov=1.03; evalue=6.71e-29; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057806186.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057806186.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806186.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806186.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1850758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B29
Chr4:1850971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:1851009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B22,B7
Chr4:1851013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,D2
Chr4:1851025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr4:1851029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B82
Chr4:1851042 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B58,C83
Chr4:1851042 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 B58,C83
Chr4:1851054 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B22,B97,C13
Chr4:1851054 CG C 1bp_deletion CDS_variant 3 B22,B97,C13
Chr4:1851060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C83
Chr4:1851071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B97,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950203.1
ATGAGGTGCAAGAAGCACGCCGCGGACCTCAGCAGCGGTGTCGGCGTCTGCGCCTCCTGCCTCCGCGACCGCCTCGTTGCTATAATGGAGGCGCAGGCGCTGAAACAGTCGCAGCTCCTCCGCAAATCGGACGCGCAGCAGCAGCAGCCTCCGCCTCTCTCGTTTCCGCGATCGGTCTCCCCTTACATCTCGCGGCGGGCGACGGACGCCGGCGCCGCCGCCTGGCATATCCACGGCAACCAGCGGAGCCTCTACAGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021114
ATGAGGTGCAAGAAGCACGCCGCGGACCTCAGCAGCGGTGTCGGCGTCTGCGCCTCCTGCCTCCGCGACCGCCTCGTTGCTATAATGGAGGCGCAGGCGCTGAAACAGTCGCAGCTCCTCCGCAAATCGGACGCGCAGCAGCAGCAGCCTCCGCCTCTCTCGTTTCCGCGATCGGTCTCCCCTTACATCTCGCGGCGGGCGACGGACGCCGGCGCCGCCGCCTGGCATATCCACGGCAACCAGCGGAGCCTCTACAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806186.1
MRCKKHAADLSSGVGVCASCLRDRLVAIMEAQALKQSQLLRKSDAQQQQPPPLSFPRSVSPYISRRATDAGAAAWHIHGNQRSLYSTPQLVPAADEVKNRKGHGGGRFSALFLGLFRSKSDKHDLNSRLDHGVSGESCSASPLWFSNMIPGRRRKQILSLSVDESSIGAQQRACRNRDRGMSPARCSDDDDDEHCHGGSSGYSSESSQGWRQTPRRTPAATRRRGGGQNRNISGLAFCLSPLVRASPNRHWNQKGMPPEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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