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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000218`

染色体: Chr04 坐标: 1906755-1907337 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000218`
名称	SmilChr04G000218
描述	RING-H2 finger protein ATL63-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1906755 - 1907337 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022145`
GeneID	`131022145`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022145`
原始查询	`SmilChr04G000218`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL63-like
产物	RING-H2 finger protein ATL63-like
Arabidopsis	`AT2G44578` (AT2G44578) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007961] identity=39.4; qcov=0.676; evalue=5.62e-18; confidence=low
Rice	`Os06g0534950` - identity=58.3; qcov=0.345; evalue=3.97e-15; confidence=low
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022145

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057807544.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057807544.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057807544.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807544.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807544.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1906785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B119
`Chr4:1906867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr4:1906899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B100,B119,C29
`Chr4:1906935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B91,C12,C36,D11,D3
`Chr4:1906952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr4:1907134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C36,D3
`Chr4:1907140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B91,C12,C36,D3
`Chr4:1907170`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B71,C33,C62,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807544.1

139 aa

139

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

zf-rbx1

PF13923 zf-C3HC4_2 44-86 aa PF13639 zf-RING_2 44-87 aa PF17123 zf-RING_11 45-73 aa PF00097 zf-C3HC4 45-86 aa PF12678 zf-rbx1 59-87 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807544.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	44	86	1.3e-08	35.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057807544.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	44	87	1.9e-14	54.3	Ring finger domain
`XP_057807544.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	45	73	1.5e-09	38.1	RING-like zinc finger
`XP_057807544.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	45	86	1e-08	35.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057807544.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	59	87	2.4e-09	38.0	RING-H2 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951561.1
CACTTTCATACACAAAGAAAGGCATGGCATCATTCGCAGCGCACGTGGCCGCCACTTCTCTAACCTTCCTCAAGATATTCTCCGGGCAAGAGGAGCGGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGTCTTCGACGAGAGCTCGGAGGCCGAGCAGTACTGTTCCATATGCCTAAACGACGTGCGCGGCGGCGACGGCTACCGGAAGCTGGCGGAGTGCGGCCACGGCTTCCACGCGAGGTGCATTGATGTGTGGCTGCGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022145
ATGGCATCATTCGCAGCGCACGTGGCCGCCACTTCTCTAACCTTCCTCAAGATATTCTCCGGGCAAGAGGAGCGGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGTCTTCGACGAGAGCTCGGAGGCCGAGCAGTACTGTTCCATATGCCTAAACGACGTGCGCGGCGGCGACGGCTACCGGAAGCTGGCGGAGTGCGGCCACGGCTTCCACGCGAGGTGCATTGATGTGTGGCTGCGATCACACTCGACGTGCCCTCTCTGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807544.1
MASFAAHVAATSLTFLKIFSGQEERLAAAAAAAVFDESSEAEQYCSICLNDVRGGDGYRKLAECGHGFHARCIDVWLRSHSTCPLCRAQLPQIISLNQNQCEWNDLVSAFLAVINDFLHRMCNPPLNDELSSMLCAAAI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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