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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000237`

染色体: Chr04 坐标: 2114761-2116312 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000237`
名称	SmilChr04G000237
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2114761 - 2116312 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022164`
GeneID	`131022164`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022164`
原始查询	`SmilChr04G000237`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23-like
Arabidopsis	`AT2G35930` (PUB23) plant U-box 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818166] identity=35; qcov=1; evalue=2.21e-61; confidence=low
Rice	`Os04g0589700` (OsPUB35) - identity=44.3; qcov=1.03; evalue=5.64e-106; confidence=medium
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022164

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807571.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807571.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057807571.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807571.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807571.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2115067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B47,B64,C7
`Chr4:2115087`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr4:2115215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr4:2115223`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C42
`Chr4:2115223`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C42
`Chr4:2115247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr4:2115301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B107,B26,B4,C37
`Chr4:2115348`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B113,B137,B28,B50,B77
`Chr4:2115348`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B113,B137,B28,B50,B77
`Chr4:2115371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B50
`Chr4:2115401`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	B124,B29,B6,B84,B89,C45,C53,C54,C61,C69,C76,C80
`Chr4:2115412`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807571.1

409 aa

204

409

U-box

ARM_PUB

PF04564 U-box 4-71 aa PF25598 ARM_PUB 100-396 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807571.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	4	71	1.3e-16	61.2	U-box domain
`XP_057807571.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	100	396	2.1e-52	179.2	Plant U-box protein ARM repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951588.1
TACTCGGATCCCATAGTTTCGTTGTCCCTTCCATGTCTACACACCAGATAAGTTTTGACTCTCATCTCTTCTTTCTTCACACTTCCACCAATCTCTCTTCACACAATTTTCAAGAACCCTGCAACTATATATACACATTGTCAATACCATACATTAAAAAGTCTTTGAAACTAGCTAATACATACAAATTCAAACTCCCTCTCAAGTTTCTTGGAGAAATTAAATGGATTGCCCTCAAGATTTCCGGTGCCCCATTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022164
ATGGATTGCCCTCAAGATTTCCGGTGCCCCATTTCAATGGAGGTAATGAAGGATCCGGTCACCATCTCCACCGGCGTTACGTACGAGCGGAAAAACATCGAGAGATGGTTCCGCACCTATAAGAAGACCACCTGCCCCACCACAATGCAATTCATCGATGTCTTGGAGATGACTCCCAATCACACGCTCCACCGGTTGATCGCCGCGTGGCAAGCTAGGCCGGGCCGCGCTCCCCCTCCTCCTCCGCCGGCTTCGGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807571.1
MDCPQDFRCPISMEVMKDPVTISTGVTYERKNIERWFRTYKKTTCPTTMQFIDVLEMTPNHTLHRLIAAWQARPGRAPPPPPPASAKRDELAAALGAIDSTPFKVSCLRRLGSIVGLGDEVKEDFKRLGGVEVLVRIMEQVLGENSDFAAFRACEEAVAVLRQIPVSDDDEQILQLLMSSDCMKSMAIVLQRGSGEARFGVIATFEKMARADYQWNYAAQDQGVGFFKSLLEIVSDEICSKASSCALKLLIQMLEASKKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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