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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000264

染色体: Chr04 坐标: 2403339-2403971 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000264
名称SmilChr04G000264
描述uncharacterized SmilChr04G000264
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2403339 - 2403971 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021127
GeneID131021127
locus_tag-
NCBI NameLOC131021127
原始查询SmilChr04G000264

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0268600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0268600; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=23.2; qcov=0.924; evalue=1.64e-14; confidence=weak
RiceOs09g0268600
-
identity=30.6; qcov=0.995; evalue=1.88e-26; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057806198.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057806198.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806198.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806198.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806198.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2403363 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 46 A24,A4,A7,A9,B102,B117,B12,B125,B127,B16,B19,B2,B37,B44,B45,B55,B6,B60,B63,B75,B76,B77,B78,B90,B92,B99,C19,C20,C21,C27,C31,C33,C41,C45,C46,C50,C63,C65,C72,C74,C77,C79,C85,C87,D1,D8
Chr4:2403368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:2403414 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 46 A24,A4,A7,A9,B102,B117,B12,B125,B127,B16,B19,B2,B37,B44,B45,B55,B6,B60,B63,B75,B76,B77,B78,B90,B92,B99,C19,C20,C21,C27,C31,C33,C41,C45,C46,C49,C50,C63,C65,C72,C74,C79,C85,C87,D1,D8
Chr4:2403419 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D4
Chr4:2403419 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 D4
Chr4:2403429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr4:2403443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B74,C28,C57,C61
Chr4:2403478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C28,C57,C61
Chr4:2403485 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 8 B10,B18,B61,B72,C29,C40,C47,C5
Chr4:2403489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B51,B58,B64,B84
Chr4:2403507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B23
Chr4:2403518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950215.1
ATGGAGAATGCAGCTGCTTTTGAAGACTTCATCACAAGGGATATGGAAAAGTTCTGTAAGGCCTACTTCTCTAACACCCCTAAAACTGATGTACTTGACAATAACATCAGTGAAACATTTAATGGATTCATTTTTAATGCAAGGGGTAAACACATAATTCATATTTGTGAAGAGATTAGGACCTCTCTTATGTGTAGAAAGGTGAAAAAGTTGACCTCAGTGAAAGATAGTGCTGATAATCTCTGTCCTAATGTGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021127
ATGGAGAATGCAGCTGCTTTTGAAGACTTCATCACAAGGGATATGGAAAAGTTCTGTAAGGCCTACTTCTCTAACACCCCTAAAACTGATGTACTTGACAATAACATCAGTGAAACATTTAATGGATTCATTTTTAATGCAAGGGGTAAACACATAATTCATATTTGTGAAGAGATTAGGACCTCTCTTATGTGTAGAAAGGTGAAAAAGTTGACCTCAGTGAAAGATAGTGCTGATAATCTCTGTCCTAATGTGAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806198.1
MENAAAFEDFITRDMEKFCKAYFSNTPKTDVLDNNISETFNGFIFNARGKHIIHICEEIRTSLMCRKVKKLTSVKDSADNLCPNVRKKLKSLMFESRNCISFSAVGGKFEIQLNADRFVVDVEEMTCACMVWQLVGIPCVLSICAIQFMGREVSDFVHEYYSISKYLEACRVGIEPINEHVLWPEVEGFTVKPHVVRRMAGRPKLKRKGQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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