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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000265

染色体: Chr04 坐标: 2416929-2417676 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000265
名称SmilChr04G000265
描述uncharacterized SmilChr04G000265
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2416929 - 2417676 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022186
GeneID131022186
locus_tag-
NCBI NameLOC131022186
原始查询SmilChr04G000265

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832109]; symbol=AT5G19875; hit=AT5G19875; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832109]; symbol=AT5G19875; hit=AT5G19875; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G19875 (AT5G19875)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832109]
identity=53.9; qcov=0.897; evalue=2.39e-31; confidence=medium
RiceOs09g0445600
-
identity=56.1; qcov=1.06; evalue=1.28e-25; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057807602.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057807602.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057807602.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057807602.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807602.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2417113 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 A18,B106,C26
Chr4:2417113 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 A18,B106,C26
Chr4:2417277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,C32,C68
Chr4:2417296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,C39,C75
Chr4:2417330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:2417345 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr4:2417345 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B76
Chr4:2417373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B74,C28,C57,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951619.1
AAAATTACTCCACAAACCGATATGCCTAATAAAGAAGCGCGTGGGCGCGACGCATAGTAATTAGCAAACCTTAATCCCCCTACGCCTCTCCTCTCTCTATATAAACGACTAAAATCTCGACCACCCAAAACAAAACAAGTCCAACACGCAGAGCAAATTAAAAACACTATTGCCAGTCATGTCAAACGGCTACAGCCACTCCCCGCCGCCGGTCCACCTCTGCTTCTTCCTCGTCATCCTCTTCATGTTCGTCGGAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022186
ATGTCAAACGGCTACAGCCACTCCCCGCCGCCGGTCCACCTCTGCTTCTTCCTCGTCATCCTCTTCATGTTCGTCGGAATCACGTGGTACATCAACTACGAGTCCATCTTCGAGGGGCTCTTCGATCAGATCAAGCTGCTCCTGATGGTGTCGCCGCTGCTCCTCCTCCTCGCCGTGCATTTTCTCTCCGCCTTCGACGCCTCCTTCTTCTTCATCCCGCTGCCGGAGCAGGACTCCTTCCACCGCGCCGGCGGCACGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807602.1
MSNGYSHSPPPVHLCFFLVILFMFVGITWYINYESIFEGLFDQIKLLLMVSPLLLLLAVHFLSAFDASFFFIPLPEQDSFHRAGGTPWGVGLLLVLLFFMISYQSDFRDRWFPLLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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