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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000269

染色体: Chr04 坐标: 2461095-2498487 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000269
名称SmilChr04G000269
描述uncharacterized SmilChr04G000269
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2461095 - 2498487 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022189
GeneID131022189
locus_tag-
NCBI NameLOC131022189
原始查询SmilChr04G000269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]; symbol=AT1G52950; hit=AT1G52950; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]; symbol=AT1G52950; hit=AT1G52950; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G52950 (AT1G52950)
Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]
identity=24.2; qcov=0.886; evalue=3.06e-11; confidence=weak
RiceOs07g0190600
-
identity=26.6; qcov=0.889; evalue=1.3e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02721 (DUF223); PF08646 (Rep_fac-A_C); PF16900 (REPA_OB_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807608.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057807608.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057807609.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807608.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807608.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2462122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B108,B69,C46
Chr4:2462134 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 13 B19,B22,B33,B39,B4,B52,B68,B69,B85,B94,C46,C56,D1
Chr4:2462176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,B57
Chr4:2462211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,D7
Chr4:2462213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,D7
Chr4:2462217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C60,C61
Chr4:2462219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B17,B99,C29,C69,C78
Chr4:2462348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C86
Chr4:2462368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,C34,C79,D7
Chr4:2462378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B52,C14,D10
Chr4:2462391 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B114,B26,C2,C50,C55
Chr4:2462391 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 5 B114,B26,C2,C50,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807608.1
362 aa
N
1
181
362
DUF223
REPA_OB_2
Rep_fac-A_C
C
PF02721 DUF223 12-116 aa PF16900 REPA_OB_2 128-227 aa PF08646 Rep_fac-A_C 291-362 aa
XP_057807609.1
271 aa
N
1
136
271
DUF223
REPA_OB_2
C
PF02721 DUF223 12-116 aa PF16900 REPA_OB_2 128-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807608.1 Pfam PF02721 DUF223 Domain 12 116 2.9e-15 57.2 Domain of unknown function DUF223
XP_057807608.1 Pfam PF16900 REPA_OB_2 Domain 128 227 3.3e-08 34.1 Replication protein A OB domain
XP_057807608.1 Pfam PF08646 Rep_fac-A_C Domain 291 362 6.3e-10 39.7 Replication factor-A C terminal domain
XP_057807609.1 Pfam PF02721 DUF223 Domain 12 116 9.3e-16 58.8 Domain of unknown function DUF223
XP_057807609.1 Pfam PF16900 REPA_OB_2 Domain 128 227 2e-08 34.8 Replication protein A OB domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951625.1
TTGGTGTCGATTTCTCTATTATTCAGCCGTTTCTTTTCTCAGATTTCTCTCACAATATCAAGCAATCAACCGTTTCTTTTCTCAAGTTTCTCTGTTATTCAATCAATCTTTCACAAATTAGGGATGTGCTTCATCCATGGCTGCAAACGCATCTTCCCCACAACTACAGATTATCCATGGCTGCAAACGAGGCAGATTCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCAATTTCGATTGCCCAAATTTGGGAGGTGCTTCATCCATG...
XM_057951626.1
CAGCTATCTACTCTTTCTGCTCTGCTCTCTTATCTCTGCTCTTCTCTGCTCTGTCCGCTCTCCTCTATCTCTGCTCTGGTCTCTTCTCTATGCTCTTCTATACTCTGTCCGCTATAACCTCTTTATGCTCTGCTCTCTTATCTCTGCTCTCCTCTACTATATCCGCTATCTTCTCTCTCTGCTCTGCTCTGCTCTTTCCTCTTTGATATCAATATGTTTTGTTTTTTATTCTTTTTTAATAAACTTTATATTTCAGCAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022189
ATGGAATCATTCAAATCAACTCCATCGATAAAAAAAACTTGGAATAAAAGGGTCATCGTTAGAATATTGCGGTTTTGGGTTCAAAAGGATTTAACAGGCCGAGAAGGCTTGGAGATGATTTTAATCGATGAATGGGGCAATCAAATTCAAGCATCTGTCTCTTTTGGAAATAAAAGGAAGTTTATGCCTCTTTTGAGAGAGGGAGATATAAATATGATCCAAAATTTCCAAGTAATGGACAACAAACCCAATTTTCAGAT...
LOC131022189
ATGGAATCATTCAAATCAACTCCATCGATAAAAAAAACTTGGAATAAAAGGGTCATCGTTAGAATATTGCGGTTTTGGGTTCAAAAGGATTTAACAGGCCGAGAAGGCTTGGAGATGATTTTAATCGATGAATGGGGCAATCAAATTCAAGCATCTGTCTCTTTTGGAAATAAAAGGAAGTTTATGCCTCTTTTGAGAGAGGGAGATATAAATATGATCCAAAATTTCCAAGTAATGGACAACAAACCCAATTTTCAGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807608.1
MESFKSTPSIKKTWNKRVIVRILRFWVQKDLTGREGLEMILIDEWGNQIQASVSFGNKRKFMPLLREGDINMIQNFQVMDNKPNFQMAKVDHLYMLGFGLATQIEQPDEGFEILENGFNFIPFTDIPTHDPTFFLDVLGEVMTHTINIDWVEMRTGKASKCDITLADADGTQVTCVLWGSLAEELKTFMENKLAEDKEPVMVALQFAKISTFRGQIKVSSMKNASKFFICPDIKEVKDFILRRGVSRSSSCNDTITDISI...
XP_057807609.1
MESFKSTPSIKKTWNKRVIVRILRFWVQKDLTGREGLEMILIDEWGNQIQASVSFGNKRKFMPLLREGDINMIQNFQVMDNKPNFQMAKVDHLYMLGFGLATQIEQPDEGFEILENGFNFIPFTDIPTHDPTFFLDVLGEVMTHTINIDWVEMRTGKASKCDITLADADGTQVTCVLWGSLAEELKTFMENKLAEDKEPVMVALQFAKISTFRGQIKVSSMKNASKFFICPDIKEVKDFILRGYMRIYNSGFGNFIFKQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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