Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000291

染色体: Chr04 坐标: 2716039-2718790 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000291
名称SmilChr04G000291
描述uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2716039 - 2718790 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022235
GeneID131022235
locus_tag-
NCBI NameLOC131022235
原始查询SmilChr04G000291

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0304500; species=rice; confidence=high
产物hit=Os06g0304500; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G13070 (AT4G13070)
RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826921]
identity=72.1; qcov=0.696; evalue=1.71e-120; confidence=high
RiceOs06g0304500
-
identity=71.2; qcov=0.704; evalue=4.37e-125; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057807682.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807682.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807682.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807682.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807682.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2716374 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B97
Chr4:2716391 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 159 A1,A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A25,A5,A6,A9,B1,B10,B101,B102,B104,B107,B108,B109,B11,B111,B114,B115,B119,B12,B120,B124,B125,B128,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B137,B139,B15,B16,B17,B18,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B33,B35,B40,B43,B45,B46,B48,B5,B51,B53,B55,B56,B57,B59,B60,B62,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B73,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B88,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B98,C1,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C42,C45,C47,C5,C50,C51,C54,C55,C57,C62,C63,C64,C67,C69,C7,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C83,C84,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D8
Chr4:2716409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C34
Chr4:2716410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B97,C64,C76,C84
Chr4:2716413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:2716425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:2717183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B64,C56,C65
Chr4:2717254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B60
Chr4:2717272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C24
Chr4:2717300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:2717513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:2717525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C36,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807682.1
355 aa
N
1
178
355
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 209-293 aa
XP_057807683.1
355 aa
N
1
178
355
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 209-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807682.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 209 293 2.5e-18 66.9 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057807683.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 209 293 2.5e-18 66.9 CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951699.1
AACATTTTAATGTGTTTTATTAAGTATTAACTATTAAGACTATGTTTTATATGCTATTTGGTTAACTTTATCATGAATTAGTAGTGTTTTTCTTATATTATTGGTGAATTATGAGTTTATAATATATATAAAATATATTTTAAATAAAGAAACTAAAACGTATTTTTGACGTATCGTATCTTGTTTTTTGGAAAAATGCCGTATTTACGTCCCCGTACCGTATCATATCGTAATACGTATCCGTCCCCATGCTTCTTAGG...
XM_057951700.1
TTAATGTGTTTTATTAAGTATTAACTATTAAGACTATGTTTTATATGCTATTTGGTTAACTTTATCATGAATTAGTAGTGTTTTTCTTATATTATTGGTGAATTATGAGTTTATAATATATATAAAATATATTTTAAATAAAGAAACTAAAACGTATTTTTGACGTATCGTATCTTGTTTTTTGGAAAAATGCCGTATTTACGTCCCCGTACCGTATCATATCGTAATACGTATCCGTCCCCATGCTTCTTAGGCTCCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022235
ATGCCAAGAGCTTCCTTATCAGGGCTCCCACTCACCATATTCACCAACACCACTATGCGACCTATTACCAGAAGGGAGTCTGTGCTTGGTTCCAAATGCTCATTGAGAAGCATTTTAACACCTCCTCATTCGACGTTTCTGCTGCGTTTTATGCATCATTTTGGGTGCAGAAACGAAGGGGAGCATCATTCAAAGAAACTGCTACCCCTTTTCTCATTTAGAGCGATCTCAGTGAATGCTTTATCTGTTAAAAGATCATG...
LOC131022235
ATGCCAAGAGCTTCCTTATCAGGGCTCCCACTCACCATATTCACCAACACCACTATGCGACCTATTACCAGAAGGGAGTCTGTGCTTGGTTCCAAATGCTCATTGAGAAGCATTTTAACACCTCCTCATTCGACGTTTCTGCTGCGTTTTATGCATCATTTTGGGTGCAGAAACGAAGGGGAGCATCATTCAAAGAAACTGCTACCCCTTTTCTCATTTAGAGCGATCTCAGTGAATGCTTTATCTGTTAAAAGATCATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807682.1
MPRASLSGLPLTIFTNTTMRPITRRESVLGSKCSLRSILTPPHSTFLLRFMHHFGCRNEGEHHSKKLLPLFSFRAISVNALSVKRSCTIGPWSSCLVREYAKVRTNESIEMKMDEDVIRFKIGDQSQEGTSLNKRKAMTKKSDVSRKAKLNELRFYRLKAKKKMNSPNPEVRIRYKLEKAKRKEAWLIEKLRKYELPKAALETYDPEILTAEERFYLKRTGEKKKHYVPVGRRGVFGGVVLNMHLHWKKHETVKVICKPC...
XP_057807683.1
MPRASLSGLPLTIFTNTTMRPITRRESVLGSKCSLRSILTPPHSTFLLRFMHHFGCRNEGEHHSKKLLPLFSFRAISVNALSVKRSCTIGPWSSCLVREYAKVRTNESIEMKMDEDVIRFKIGDQSQEGTSLNKRKAMTKKSDVSRKAKLNELRFYRLKAKKKMNSPNPEVRIRYKLEKAKRKEAWLIEKLRKYELPKAALETYDPEILTAEERFYLKRTGEKKKHYVPVGRRGVFGGVVLNMHLHWKKHETVKVICKPC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器