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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000292

染色体: Chr04 坐标: 2719759-2720911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000292
名称SmilChr04G000292
描述uncharacterized SmilChr04G000292
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2719759 - 2720911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021134
GeneID131021134
locus_tag-
NCBI NameLOC131021134
原始查询SmilChr04G000292

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03004 (Transposase_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806206.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806206.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806206.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806206.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057806206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2719994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B53,C61
Chr4:2720016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,C84
Chr4:2720041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,C5,C84
Chr4:2720047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr4:2720049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B63,B70,B93
Chr4:2720119 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 6 B13,B95,C28,C61,C7,D10
Chr4:2720135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr4:2720137 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C23
Chr4:2720137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:2720139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr4:2720140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C77
Chr4:2720220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806206.1
299 aa
N
1
150
299
Transposase_24
C
PF03004 Transposase_24 79-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806206.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 79 210 2.4e-14 54.4 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950223.1
ATGCCACATGAAAGTGGCACGAATTGGAAGAATTTGACTGAAGAGATGAAGGACGTGTACTTCAACGAATTTGAGAAAGCATTTTGTTGGCAACAAGATAAATATACCAGACACCAAATTAAGAAGGCGTGGATCTCAGAGGCTCGAGTGGCATATAAGGATTACATTTGTGCATGCAAGAAAACCCTCCTACTACACAAGAAGAAGATTGATTATCTCAATCCTATTGTTGAGGCTGCTTGGAGGGCTTATTGGGCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021134
ATGCCACATGAAAGTGGCACGAATTGGAAGAATTTGACTGAAGAGATGAAGGACGTGTACTTCAACGAATTTGAGAAAGCATTTTGTTGGCAACAAGATAAATATACCAGACACCAAATTAAGAAGGCGTGGATCTCAGAGGCTCGAGTGGCATATAAGGATTACATTTGTGCATGCAAGAAAACCCTCCTACTACACAAGAAGAAGATTGATTATCTCAATCCTATTGTTGAGGCTGCTTGGAGGGCTTATTGGGCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806206.1
MPHESGTNWKNLTEEMKDVYFNEFEKAFCWQQDKYTRHQIKKAWISEARVAYKDYICACKKTLLLHKKKIDYLNPIVEAAWRAYWALPETQARSAQASKNRRSEPCGVGTGMTIHHGGSRSTLDHAEYLARESNIPFDAASWATFRRIHFKNGQYTAGRPAQHGLEVERRVAELREVQGEVTPADVDRIFREVVTPDPKGRIMGLGMMMSKALTSGGGESSTSTSTSHFDAPSKAEFTTSREDLDTTARALTTAVQEIEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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