Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000306`

染色体: Chr04 坐标: 2830675-2833627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000306`
名称	SmilChr04G000306
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2830675 - 2833627 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021141`
GeneID	`131021141`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021141`
原始查询	`SmilChr04G000306`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=33; qcov=0.646; evalue=6.09e-67; confidence=low
Rice	`Os06g0166100` - identity=34.3; qcov=0.787; evalue=1.24e-93; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806214.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057806214.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806214.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806214.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806214.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2830780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C37
`Chr4:2831012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr4:2831054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr4:2831256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B13,B42,B59
`Chr4:2831309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C5
`Chr4:2831321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B79
`Chr4:2831383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,C1,C6,D1
`Chr4:2831422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B26,B45,B70,B95,C40
`Chr4:2831743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,C18
`Chr4:2831891`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B51
`Chr4:2831954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:2832002`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A19,B17,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806214.1

615 aa

308

615

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 145-262 aa PF10551 MULE 180-274 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806214.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	145	262	3.2e-11	44.0	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057806214.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	180	274	5.3e-31	107.6	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950231.1
ATGGGCGATTCTGATATAATAGTAGAGATTCAAGATTTTAATGTGCAGTTGAATGAAGAAATTAACTTGAATGATGATTACAGTTGTGAATCTGGCAATGTTTCTACAGATAAAGACTTCTCTACAGATCAAGATTTAGATGAAGATACATTGATACAAGGTCAGAGTTCTTCTTCTTGTGATCCTTTACTTGGATTAAGAAGTCAAAACTTCGAAGACATATACAAAGCATATAAATCTTATGCTAAAGAAGTTGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021141
ATGGGCGATTCTGATATAATAGTAGAGATTCAAGATTTTAATGTGCAGTTGAATGAAGAAATTAACTTGAATGATGATTACAGTTGTGAATCTGGCAATGTTTCTACAGATAAAGACTTCTCTACAGATCAAGATTTAGATGAAGATACATTGATACAAGGTCAGAGTTCTTCTTCTTGTGATCCTTTACTTGGATTAAGAAGTCAAAACTTCGAAGACATATACAAAGCATATAAATCTTATGCTAAAGAAGTTGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806214.1
MGDSDIIVEIQDFNVQLNEEINLNDDYSCESGNVSTDKDFSTDQDLDEDTLIQGQSSSSCDPLLGLRSQNFEDIYKAYKSYAKEVGFDIRRSSSKYLAEEAGGEHLVGHTKKDHLNHVNKIKMKAIEGGDAQTLIDSLNQHGVEDEEFFFRVKLDEEERLSNIFWRDSMMKQDFMLFGDVMVFDTTYRTNKYNLICAPFVGVNNHKRNVMFACAFISNEQTETFEWLFDVFKKSMEGRCPVTLFTDQDKAISNGIEKVFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器