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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000309

染色体: Chr04 坐标: 2854086-2855614 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000309
名称SmilChr04G000309
描述polygalacturonase inhibitor 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2854086 - 2855614 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021142
GeneID131021142
locus_tag-
NCBI NameLOC131021142
原始查询SmilChr04G000309

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polygalacturonase inhibitor 1-like
产物polygalacturonase inhibitor 1-like
ArabidopsisAT5G06860 (PGIP1)
polygalacturonase inhibiting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830577]
identity=54.7; qcov=0.92; evalue=2.55e-90; confidence=high
RiceOs05g0104200 (PGIP1)
-
identity=44.7; qcov=0.955; evalue=3.76e-71; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021142

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057806215.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057806215.1
3 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057806215.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057806215.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806215.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806215.1
288 aa
N
1
144
288
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 98-120 aa PF00560 LRR_1 123-143 aa PF00560 LRR_1 149-167 aa PF00560 LRR_1 216-235 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806215.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 120 1.6e-22 75.4 Leucine Rich Repeat
XP_057806215.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 123 143 1.6e-22 75.4 Leucine Rich Repeat
XP_057806215.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 167 1.6e-22 75.4 Leucine Rich Repeat
XP_057806215.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 216 235 1.6e-22 75.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950232.1
ATGGATGGTTGTCGAAGCATCATATCGAGATTAAAGATGTGCAAGTTGCGCCACGTCAACGACACCACCAACCGCGTCCTTGGCCTCGACATCGCCTCCGTTGATCTCCACGGCACAATCCCCCCTTCCCTCTCCAAACTCCACCACCTCCAGCGCCTCCGCCTCCACAAGCTCCCAAACCTCGTCGGCCCCATCCCCCCGGAGCTCGGGCAGCTCCCCCTCCTCGGCTACCTAGTCATAAGCTGGACTAACATCTCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021142
ATGGATGGTTGTCGAAGCATCATATCGAGATTAAAGATGTGCAAGTTGCGCCACGTCAACGACACCACCAACCGCGTCCTTGGCCTCGACATCGCCTCCGTTGATCTCCACGGCACAATCCCCCCTTCCCTCTCCAAACTCCACCACCTCCAGCGCCTCCGCCTCCACAAGCTCCCAAACCTCGTCGGCCCCATCCCCCCGGAGCTCGGGCAGCTCCCCCTCCTCGGCTACCTAGTCATAAGCTGGACTAACATCTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806215.1
MDGCRSIISRLKMCKLRHVNDTTNRVLGLDIASVDLHGTIPPSLSKLHHLQRLRLHKLPNLVGPIPPELGQLPLLGYLVISWTNISGPIPSFLTNLRSLSYLILSFNRLSGPIPPSLPSLPYLYAIDLSRNLLTGPIPESFGHFLLSTALDLSHNMLSGDIPASLGNVNFSRIKLSRNKLSGDASVLFGKDKVADTIDISRNSFEFDFSKVGFMESLDVLDISHNKIYGSIPKQITEAVYLQFLNVSYNRMCGEIPTGWK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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