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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000313

染色体: Chr04 坐标: 2872608-2880261 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000313
名称SmilChr04G000313
描述chaperone protein dnaJ GFA2, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2872608 - 2880261 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022226
GeneID131022226
locus_tag-
NCBI NameLOC131022226
原始查询SmilChr04G000313

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ GFA2, mitochondrial
产物chaperone protein dnaJ GFA2%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G48030 (GFA2)
gametophytic factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834854]
identity=59.1; qcov=1.01; evalue=8.65e-177; confidence=high
RiceOs12g0168400 (OsDjA11)
-
identity=61.6; qcov=0.836; evalue=7.16e-164; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009408 (response to heat); GO:0031072 (heat shock protein binding); GO:0042026 (protein refolding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085)
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF00684 (DnaJ_CXXCXGXG); PF01556 (DnaJ_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057807666.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057807666.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807666.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807666.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807666.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2872852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B67
Chr4:2873001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,D7
Chr4:2873853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:2874725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B23
Chr4:2874734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:2875920 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C11
Chr4:2875920 TAG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C11
Chr4:2876012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B62,C28,C9,D2
Chr4:2877665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,C45
Chr4:2878181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:2878446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B14,B58,C41,C81
Chr4:2878483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B64,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807666.1
446 aa
N
1
223
446
DnaJ
DnaJ_C
DnaJ_CXXCXGXG
C
PF00226 DnaJ 88-150 aa PF01556 DnaJ_C 202-414 aa PF00684 DnaJ_CXXCXGXG 228-287 aa
XP_057807667.1
439 aa
N
1
220
439
DnaJ
DnaJ_C
DnaJ_CXXCXGXG
C
PF00226 DnaJ 81-143 aa PF01556 DnaJ_C 195-407 aa PF00684 DnaJ_CXXCXGXG 221-280 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807666.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 88 150 1.1e-27 96.6 DnaJ domain
XP_057807666.1 Pfam PF01556 DnaJ_C Domain 202 414 4.1e-47 160.7 DnaJ C terminal domain
XP_057807666.1 Pfam PF00684 DnaJ_CXXCXGXG Domain 228 287 3.9e-13 50.2 DnaJ central domain
XP_057807667.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 81 143 1.1e-27 96.6 DnaJ domain
XP_057807667.1 Pfam PF01556 DnaJ_C Domain 195 407 3.4e-44 151.3 DnaJ C terminal domain
XP_057807667.1 Pfam PF00684 DnaJ_CXXCXGXG Domain 221 280 3.8e-13 50.2 DnaJ central domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951684.1
TAATTTAACCGTCGTGACTAGAAGATTCCAAGAACTCAGCTGTGCTATTCTCGACTCGTCTCTCACACTTCTTCTCCTCGAGTTAGTTGATTCAGCTCCAAAGTTTATTAGGGTTTTACTCCACTCCCGATTCTCTGCCGTTATTCTCCCTGCTTTCGCTACATTTACACTGCCCACCGATGGTCCGGTGCTATGGCCTCCGCCTCGCCCGCCGCTCTCTTACGTCTCTTCTGCGCCCCAATTCCTATTCAATTGGAGGG...
XM_057951683.1
ACCGTCGTGACTAGAAGATTCCAAGAACTCAGCTGTGCTATTCTCGACTCGTCTCTCACACTTCTTCTCCTCGAGTTAGTTGATTCAGCTCCAAAGTTTATTAGGGTTTTACTCCACTCCCGATTCTCTGCCGTTATTCTCCCTGCTTTCGCTACATTTACACTGCCCACCGATGGTCCGGTGCTATGGCCTCCGCCTCGCCCGCCGCTCTCTTACGTCTCTTCTGCGCCCCAATTCCTATTCAATTCTTTGCTATTCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022226
ATGGTCCGGTGCTATGGCCTCCGCCTCGCCCGCCGCTCTCTTACGTCTCTTCTGCGCCCCAATTCCTATTCAATTCTTTGCTATTCCTTCTTCAAGGGAGGGTGTAGGGGCGTCAGCGCGGCACCGTGCAGTCATTTCAGGGGTCTTTTCTATTTAAGTAATGGAGATGCGGGTACCGGCAAGAATGTGTTAAAGCCAGGCTTTTGGAGTGATATTATAGGCGCCAAACGATCAATTCATGGCACTGCACAATTATCAAG...
LOC131022226
ATGGTCCGGTGCTATGGCCTCCGCCTCGCCCGCCGCTCTCTTACGTCTCTTCTGCGCCCCAATTCCTATTCAATTGGAGGGTGTAGGGGCGTCAGCGCGGCACCGTGCAGTCATTTCAGGGGTCTTTTCTATTTAAGTAATGGAGATGCGGGTACCGGCAAGAATGTGTTAAAGCCAGGCTTTTGGAGTGATATTATAGGCGCCAAACGATCAATTCATGGCACTGCACAATTATCAAGAGATTTCTATGATGTCCTTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807666.1
MVRCYGLRLARRSLTSLLRPNSYSILCYSFFKGGCRGVSAAPCSHFRGLFYLSNGDAGTGKNVLKPGFWSDIIGAKRSIHGTAQLSRDFYDVLGVNKNATASEIKKAYYGLAKKLHPDTNKDDPEAEKKFQDVQKAYEVLKDEEKRQQYDQLGHEAFERAGTGEGPGFDPFGAGGFNPFQDIFRNADIFNIFNRDMGGEDVKVAVELSFMEAVQGCTKTLSIMTDLTCETCGGAGVPPGTRPETCKRCRGSGMIISQNGP...
XP_057807667.1
MVRCYGLRLARRSLTSLLRPNSYSIGGCRGVSAAPCSHFRGLFYLSNGDAGTGKNVLKPGFWSDIIGAKRSIHGTAQLSRDFYDVLGVNKNATASEIKKAYYGLAKKLHPDTNKDDPEAEKKFQDVQKAYEVLKDEEKRQQYDQLGHEAFERAGTGEGPGFDPFGAGGFNPFQDIFRNADIFNIFNRDMGGEDVKVAVELSFMEAVQGCTKTLSIMTDLTCETCGGAGVPPGTRPETCKRCRGSGMIISQNGPFTLQSTC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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