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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000347

染色体: Chr04 坐标: 3258530-3258973 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000347
名称SmilChr04G000347
描述uncharacterized SmilChr04G000347
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向3258530 - 3258973 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021151
GeneID131021151
locus_tag-
NCBI NameLOC131021151
原始查询SmilChr04G000347

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057806224.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057806224.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057806224.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806224.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806224.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:3258533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B138,B85,C64
Chr4:3258549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B66,B84
Chr4:3258586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,C10,C28,C32,C68
Chr4:3258588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B138,B85
Chr4:3258629 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 60 A13,A15,A2,A20,A21,A7,B1,B10,B102,B11,B110,B119,B12,B134,B135,B139,B16,B18,B19,B21,B23,B24,B25,B33,B4,B43,B51,B52,B53,B55,B57,B64,B67,B82,B90,B97,B99,C16,C17,C23,C25,C29,C3,C30,C37,C39,C41,C43,C47,C50,C52,C57,C63,C64,C67,C7,C75,C81,C84,D7
Chr4:3258891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B24,B70,C46
Chr4:3258892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B17,B70,C46
Chr4:3258902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,D8
Chr4:3258946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C22,C48
Chr4:3258958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950241.1
ATGGCACTGCCCACTGACTCCCGCCTCAGCCGTCACCCTCTGCCGCCGCCCTGCCGCCCTTCTCCACCACCATCACCAGATCCGCCACCCTCTGTCGCCCGCCGCCGCCGTTGCCTTCCCCCACCACCACCAGATCCACCACCCTCTGTCGCCCCCTCCACTGCCTTCCCCCACCACCACACCAGATCCGCCGCCGTTGCCTTCCCCACCATCACCAGATCCGCCACCCTCTGTCGCCCCCTCCGCTACCTTCCCCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021151
ATGGCACTGCCCACTGACTCCCGCCTCAGCCGTCACCCTCTGCCGCCGCCCTGCCGCCCTTCTCCACCACCATCACCAGATCCGCCACCCTCTGTCGCCCGCCGCCGCCGTTGCCTTCCCCCACCACCACCAGATCCACCACCCTCTGTCGCCCCCTCCACTGCCTTCCCCCACCACCACACCAGATCCGCCGCCGTTGCCTTCCCCACCATCACCAGATCCGCCACCCTCTGTCGCCCCCTCCGCTACCTTCCCCCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806224.1
MALPTDSRLSRHPLPPPCRPSPPPSPDPPPSVARRRRCLPPPPPDPPPSVAPSTAFPHHHTRSAAVAFPTITRSATLCRPLRYLPPPSHQIRRCCLPPLSPDPPPSVAPRRRCLPPPPPDPPPFVTSSVAFPQHHTRSAAVAFPHHH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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