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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000371

染色体: Chr04 坐标: 3729974-3733047 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000371
名称SmilChr04G000371
描述uncharacterized SmilChr04G000371
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向3729974 - 3733047 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022230
GeneID131022230
locus_tag-
NCBI NameLOC131022230
原始查询SmilChr04G000371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding ASCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:7922418]; symbol=AT2G43465; hit=AT2G43465; species=arabidopsis; confidence=medium
产物RNA-binding ASCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:7922418]; symbol=AT2G43465; hit=AT2G43465; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G43465 (AT2G43465)
RNA-binding ASCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:7922418]
identity=43.5; qcov=0.938; evalue=3.44e-89; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF04266 (ASCH); PF31217 (CdiA_CT_tRNase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807676.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807677.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057807675.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807675.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807675.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:3730154 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 7 A19,B123,B3,C15,C4,C82,D6
Chr4:3730331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr4:3730344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:3730368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,C32,C68,C80
Chr4:3730748 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr4:3730827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B24,B44,B47,C7
Chr4:3730862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B2,D7
Chr4:3731043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr4:3731227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:3731242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr4:3731270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B5,C51
Chr4:3731372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807675.1
408 aa
N
1
204
408
ASCH
CdiA_CT_tRNase
C
PF04266 ASCH 161-250 aa PF31217 CdiA_CT_tRNase 311-395 aa
XP_057807676.1
399 aa
N
1
200
399
ASCH
CdiA_CT_tRNase
C
PF04266 ASCH 140-241 aa PF31217 CdiA_CT_tRNase 302-386 aa
XP_057807677.1
353 aa
N
1
176
353
ASCH
C
PF04266 ASCH 161-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807675.1 Pfam PF04266 ASCH Domain 161 250 4.9e-09 37.2 ASCH domain
XP_057807675.1 Pfam PF31217 CdiA_CT_tRNase Domain 311 395 7e-19 68.6 CdiA C-terminal tRNase toxin domain
XP_057807676.1 Pfam PF04266 ASCH Domain 140 241 2.1e-13 51.1 ASCH domain
XP_057807676.1 Pfam PF31217 CdiA_CT_tRNase Domain 302 386 6.7e-19 68.7 CdiA C-terminal tRNase toxin domain
XP_057807677.1 Pfam PF04266 ASCH Domain 161 250 3.8e-09 37.5 ASCH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951693.1
GGGAGTAAGTTTTTAGGAGTACTATTGTATTTGGCGACAGCGGTACTAGTATGGAGGAGGAGGAGGAGTCGCCGCTGCCGCTGCCGCCGTCGTCTCCGGGAGTCGAGCCGGTAGAACTGAAAGACTGCGTAGAAGAGCTATTGAAATTCACACTCATTTCCTCCATACAAGGCAAGATTCAAATCGGTCTCTCCAACGAATACTGCGCCGATCTCCTCAGAGACGATCCGTCAGCTCCCCTTCACACTAACGCGGTTTCC...
XM_057951692.1
TTTAGGAGTACTATTGTATTTGGCGACAGCGGTACTAGTATGGAGGAGGAGGAGGAGTCGCCGCTGCCGCTGCCGCCGTCGTCTCCGGGAGTCGAGCCGGTAGAACTGAAAGACTGCGTAGAAGAGCTATTGAAATTCACACTCATTTCCTCCATACAAGGCAAGATTCAAATCGGTCTCTCCAACGAATACTGCGCCGATCTCCTCAGAGACGATCCGTCAGCTCCCCTTCACACTAACGCGGTTTCCGGAGGAGTTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022230
ATGGAGGAGGAGGAGGAGTCGCCGCTGCCGCTGCCGCCGTCGTCTCCGGGAGTCGAGCCGGTAGAACTGAAAGACTGCGTAGAAGAGCTATTGAAATTCACACTCATTTCCTCCATACAAGGCAAGATTCAAATCGGTCTCTCCAACGAATACTGCGCCGATCTCCTCAGAGACGATCCGTCAGCTCCCCTTCACACTAACGCGGTTTCCGGAGGAGTTCCGTCGTATCCTTTATACAAGCGACTAGCATCGTCTCTATA...
LOC131022230
ATGGAGGAGGAGGAGGAGTCGCCGCTGCCGCTGCCGCCGTCGTCTCCGGGAGTCGAGCCGGTAGAACTGAAAGACTGCGTAGAAGAGCTATTGAAATTCACACTCATTTCCTCCATACAAGGCAAGATTCAAATCGGTCTCTCCAACGAATACTGCGCCGATCTCCTCAGAGACGATCCGTCAGCTCCCCTTCACACTAACGCGGTTTCCGGAGGAGTTCCGTCGTATCCTTTATACAAGCGACTAGCATCGTCTCTATA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057807675.1
MEEEEESPLPLPPSSPGVEPVELKDCVEELLKFTLISSIQGKIQIGLSNEYCADLLRDDPSAPLHTNAVSGGVPSYPLYKRLASSLYQSICSGALCTSYKELIPSDEELNHRKKDEEWNKMIVEKGSALLSVLREVNFELHVQEPFFSLLSGIHLLILSSDGVKTIEGRCAVGDYKRIRAGHVLLVNKCLTLQVQDVRKYSSFCEMLEVESLASVLPGVTNIEEGVQTYRNFYSEEKERSNGVLAIHVRTPTSQLRVITA...
XP_057807676.1
MEEEEESPLPLPPSSPGVEPVELKDCVEELLKFTLISSIQGKIQIGLSNEYCADLLRDDPSAPLHTNAVSGGVPSYPLYKRLASSLYQSICSGALCTSYKELIPSDEELNHRKKDEEWNKMIVEKGSALLSVLREVNFELHVQEPFFSLLSDGVKTIEGRCAVGDYKRIRAGHVLLVNKCLTLQVQDVRKYSSFCEMLEVESLASVLPGVTNIEEGVQTYRNFYSEEKERSNGVLAIHVRTPTSQLRVITASIVSGLSYG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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