当前解析结果
SmilChr04G000385| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000385 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000385 |
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 3912536 - 3913039 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021169 |
|---|---|
| GeneID | 131021169 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021169 |
| 原始查询 | SmilChr04G000385 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 产物 | dirigent protein 22-like |
| Arabidopsis | AT2G21100 (AT2G21100)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645] identity=33.3; qcov=0.88; evalue=4.6e-21; confidence=low |
| Rice | Os12g0174700- identity=36.8; qcov=0.862; evalue=2.04e-25; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021169 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057806241.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806241.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806241.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806241.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057806241.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:3912582 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B3,B76,D8 |
Chr4:3912705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:3912713 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,D11 |
Chr4:3913025 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 36 | A11,A13,A18,A21,A25,A7,B100,B108,B122,B131,B135,B137,B140,B2,B30,B33,B35,B49,B5,B54,B56,B58,B63,B69,B8,B96,C42,C49,C58,C77,C78,C8,C82,C85,D11,D7 |
Chr4:3913034 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806241.1PF03018
Dirigent 25-163 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806241.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 25 | 163 | 2e-32 | 112.7 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。