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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000385

染色体: Chr04 坐标: 3912536-3913039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000385
名称SmilChr04G000385
描述dirigent protein 22-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向3912536 - 3913039 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021169
GeneID131021169
locus_tag-
NCBI NameLOC131021169
原始查询SmilChr04G000385

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 22-like
产物dirigent protein 22-like
ArabidopsisAT2G21100 (AT2G21100)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645]
identity=33.3; qcov=0.88; evalue=4.6e-21; confidence=low
RiceOs12g0174700
-
identity=36.8; qcov=0.862; evalue=2.04e-25; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057806241.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806241.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806241.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806241.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806241.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:3912582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B3,B76,D8
Chr4:3912705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:3912713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,D11
Chr4:3913025 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 36 A11,A13,A18,A21,A25,A7,B100,B108,B122,B131,B135,B137,B140,B2,B30,B33,B35,B49,B5,B54,B56,B58,B63,B69,B8,B96,C42,C49,C58,C77,C78,C8,C82,C85,D11,D7
Chr4:3913034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806241.1
167 aa
N
1
84
167
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 25-163 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806241.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 25 163 2e-32 112.7 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950258.1
ATGTTGAAGTTTAGCATAGTTTTCATATTGATGCTCACAATAGCTAGTGTCAAAAGCAAAAATCCTAATAATGTAACGAAGTTTCGTATTTATCTTCATCTATTTTTTCGCGTGCCAAATGCAAATGCTTATGAGGTTGCTCGAGCCAACATCACGGCCGATTCTCCGACGTCGTTCGGCCTCGTCGTCGCCGGAGACACCTTGATCACGAGCGGGCTCGACATGAAGACGGGGATCTTGGGTCGGGCTCAAGGCTACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021169
ATGTTGAAGTTTAGCATAGTTTTCATATTGATGCTCACAATAGCTAGTGTCAAAAGCAAAAATCCTAATAATGTAACGAAGTTTCGTATTTATCTTCATCTATTTTTTCGCGTGCCAAATGCAAATGCTTATGAGGTTGCTCGAGCCAACATCACGGCCGATTCTCCGACGTCGTTCGGCCTCGTCGTCGCCGGAGACACCTTGATCACGAGCGGGCTCGACATGAAGACGGGGATCTTGGGTCGGGCTCAAGGCTACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806241.1
MLKFSIVFILMLTIASVKSKNPNNVTKFRIYLHLFFRVPNANAYEVARANITADSPTSFGLVVAGDTLITSGLDMKTGILGRAQGYTVYTDLNEIARKLNAEFIFTAGKYRGSSLMVLGRVNHELAIVGGTGAFRMAQGYVNSTTYLNDPRTGYILLVFDFYVISRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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