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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000386

染色体: Chr04 坐标: 3917698-3918165 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000386
名称SmilChr04G000386
描述dirigent protein 22-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向3917698 - 3918165 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021170
GeneID131021170
locus_tag-
NCBI NameLOC131021170
原始查询SmilChr04G000386

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 22-like
产物dirigent protein 22-like
ArabidopsisAT2G21100 (AT2G21100)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645]
identity=37.8; qcov=0.923; evalue=7.65e-22; confidence=medium
RiceOs12g0174700
-
identity=42.1; qcov=0.935; evalue=2.31e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021170

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057806242.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806242.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806242.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806242.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806242.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:3917707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,A6,B114,B60
Chr4:3917806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B114,B60
Chr4:3917820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,B89
Chr4:3917845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:3917865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr4:3917916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr4:3918007 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B64
Chr4:3918007 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B64
Chr4:3918052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,A6,B114,B60
Chr4:3918115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806242.1
155 aa
N
1
78
155
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 15-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806242.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 15 152 6.2e-31 107.8 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950259.1
ATGGTGATGGCAGCCAATGTCGAAAGCACAATTTATAATGTAGCTAAGTTTCGTGTTTATGTTCATGAAAACGAAAGCGGGCCGAATAGAAATGTTTATGAGGTTGGTCGGGCCAACATCACGGCTAGTTCCCCGACGTCGTTCGGGCTGGTCTCCGTGGGAGACGGGTTGATGACGAGCGGGCCTGACGTGAACACGGGGAAGCTAGGGCGAGCTCAGGGCTTGGGAGTAAGTTCGAGCCTAACAGAATCGGTGAAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021170
ATGGTGATGGCAGCCAATGTCGAAAGCACAATTTATAATGTAGCTAAGTTTCGTGTTTATGTTCATGAAAACGAAAGCGGGCCGAATAGAAATGTTTATGAGGTTGGTCGGGCCAACATCACGGCTAGTTCCCCGACGTCGTTCGGGCTGGTCTCCGTGGGAGACGGGTTGATGACGAGCGGGCCTGACGTGAACACGGGGAAGCTAGGGCGAGCTCAGGGCTTGGGAGTAAGTTCGAGCCTAACAGAATCGGTGAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806242.1
MVMAANVESTIYNVAKFRVYVHENESGPNRNVYEVGRANITASSPTSFGLVSVGDGLMTSGPDVNTGKLGRAQGLGVSSSLTESVKTITGYFVFTEGKYRGSTLIALGRINEEVSVVGGTALFRLARGYANSFTYSNDPRTANSIIVYDFYVNLN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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