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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000410

染色体: Chr04 坐标: 4285069-4286910 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000410
名称SmilChr04G000410
描述uncharacterized SmilChr04G000410
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向4285069 - 4286910 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022297
GeneID131022297
locus_tag-
NCBI NameLOC131022297
原始查询SmilChr04G000410

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834239]; symbol=AT5G42330; hit=AT5G42330; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834239]; symbol=AT5G42330; hit=AT5G42330; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G42330 (AT5G42330)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834239]
identity=36.9; qcov=0.753; evalue=1.19e-10; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807727.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057807728.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807727.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807727.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807727.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:4285373 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C57
Chr4:4285373 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C57
Chr4:4285386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C26,C9
Chr4:4285408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B83,C9
Chr4:4285423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B128,B59,B68,C71
Chr4:4285487 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C65
Chr4:4285487 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C65
Chr4:4285492 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 10 A20,A7,A8,B19,B56,B7,B96,C30,C75,C76
Chr4:4285536 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B40
Chr4:4285536 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951744.1
AGTGACCGTTGCAAACGCTCCCCCTATTAAAAAATTCAAAAACCACGATGAATATATAAAACCCAAAAATAAAATAAAGCTTCAATCATCGTTTTTCCTCTTCTCTCTCTAGAATTTTTCGCTGAGATTACATTTCAAAGATGATGTTGAGGTCAAGCGCCAAACCTCCTCTCGCAAGGTCTCCGATTCGCCTCCGTTCACGGCGTAAGCCGCTTCAGCCCGCCGCCGACAACGCCGCCCGCACTCCACCAGGTTCATTG...
XM_057951745.1
AAATAAAATAAAGCTTCAATCATCGTTTTTCCTCTTCTCTCTCTAGAATTTTTCGCTGAGATTACATTTCAAAGATGATGTTGAGGTCAAGCGCCAAACCTCCTCTCGCAAGGTCTCCGATTCGCCTCCGTTCACGGCGTAAGCCGCTTCAGCCCGCCGCCGACAACGCCGCCCGCACTCCACCAGGTTCATTGACCAAATCCCAGATGCCTAACCGCAGCTGGGACGTGGAGCAATCCGGGCTTCGGCCTGAATATCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022297
ATGATGTTGAGGTCAAGCGCCAAACCTCCTCTCGCAAGGTCTCCGATTCGCCTCCGTTCACGGCGTAAGCCGCTTCAGCCCGCCGCCGACAACGCCGCCCGCACTCCACCAGGTTCATTGACCAAATCCCAGATGCCTAACCGCAGCTGGGACGTGGAGCAATCCGGGCTTCGGCCTGAATATCACACGATCTCTTGTGAGCTAAGTGTTCTTGGCGGTCAAAGGAGCCCTCTGTTTGAGAGAGGCAGGTTTTATGATGA...
LOC131022297
ATGATGTTGAGGTCAAGCGCCAAACCTCCTCTCGCAAGGTCTCCGATTCGCCTCCGTTCACGGCGTAAGCCGCTTCAGCCCGCCGCCGACAACGCCGCCCGCACTCCACCAGGTTCATTGACCAAATCCCAGATGCCTAACCGCAGCTGGGACGTGGAGCAATCCGGGCTTCGGCCTGAATATCACACGATCTCTTGTGAGCTAAGGGCCCTAGCAAAAATGGTGCACCACGAATTTGGAACAAAAGGAAACCCCTCATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057807727.1
MMLRSSAKPPLARSPIRLRSRRKPLQPAADNAARTPPGSLTKSQMPNRSWDVEQSGLRPEYHTISCELRALAKMVHHEFGTKGNPSFDDDGGVLGGQRSPLFERGRFYDEYCARRNERLFSRRRKVKLRDMRRSLHMHMILVLESSLQRRGRLPSSIAGGRRRLLRWLRPRQCLRGGRYAHQGIC
XP_057807728.1
MMLRSSAKPPLARSPIRLRSRRKPLQPAADNAARTPPGSLTKSQMPNRSWDVEQSGLRPEYHTISCELSVLGGQRSPLFERGRFYDEYCARRNERLFSRRRKVKLRDMRRSLHMHMILVLESSLQRRGRLPSSIAGGRRRLLRWLRPRQCLRGGRYAHQGIC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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