当前解析结果
SmilChr04G000413| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000413 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000413 |
| 描述 | protein SEMI-ROLLED LEAF 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 4328196 - 4338998 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022302 |
|---|---|
| GeneID | 131022302 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022302 |
| 原始查询 | SmilChr04G000413 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SEMI-ROLLED LEAF 2-like |
| 产物 | protein SEMI-ROLLED LEAF 2-like |
| Arabidopsis | AT5G21080 (AT5G21080)Uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832232] identity=51.9; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0780500 (OsSTA80)- identity=48.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF21052 (EFR3_ARM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022302 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057807732.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057807732.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807732.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807732.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807732.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:4329835 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr4:4331552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr4:4332678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B65,B77 |
Chr4:4332820 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:4332867 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr4:4332965 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B53 |
Chr4:4333194 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B57,C27,C55 |
Chr4:4334231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B80 |
Chr4:4338163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,B33 |
Chr4:4338224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807732.1PF21052
EFR3_ARM 55-711 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807732.1 |
Pfam | PF21052 |
EFR3_ARM | Repeat | 55 | 711 | 1.5e-79 | 269.1 | EFR3, armadillo repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。