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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000415

染色体: Chr04 坐标: 4342030-4346262 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000415
名称SmilChr04G000415
描述sugar transporter ERD6-like 5
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向4342030 - 4346262 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022303
GeneID131022303
locus_tag-
NCBI NameLOC131022303
原始查询SmilChr04G000415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar transporter ERD6-like 5
产物sugar transporter ERD6-like 5
ArabidopsisAT1G54730 (AT1G54730)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841914]
identity=60.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0643800
-
identity=51.3; qcov=1.06; evalue=1.33e-160; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022303

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057807735.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057807733.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057807733.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807733.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807733.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:4342298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr4:4342665 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B92
Chr4:4342665 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B92
Chr4:4343900 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 43 A13,A20,A5,B106,B110,B115,B126,B2,B20,B46,B48,B53,B6,B60,B66,B8,B83,B85,B89,B93,B94,C10,C12,C16,C19,C24,C26,C34,C37,C42,C51,C53,C54,C56,C60,C63,C79,C80,C83,C86,D10,D5,D7
Chr4:4343939 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 42 A13,A20,A5,B106,B110,B115,B126,B2,B20,B46,B48,B53,B6,B60,B66,B8,B83,B85,B89,B93,B94,C10,C12,C16,C19,C24,C26,C34,C37,C42,C51,C53,C54,C56,C60,C63,C80,C83,C86,D10,D5,D7
Chr4:4345927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr4:4345939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807733.1
461 aa
N
1
230
461
MFS_1
Sugar_tr
C
PF07690 MFS_1 37-405 aa PF00083 Sugar_tr 61-455 aa
XP_057807734.1
460 aa
N
1
230
460
MFS_1
Sugar_tr
C
PF07690 MFS_1 37-404 aa PF00083 Sugar_tr 61-454 aa
XP_057807735.1
431 aa
N
1
216
431
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 31-425 aa
XP_057807736.1
430 aa
N
1
215
430
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 31-424 aa PF07690 MFS_1 38-374 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807733.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 37 405 3.4e-23 82.9 Major Facilitator Superfamily
XP_057807733.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 61 455 3e-87 294.1 Sugar (and other) transporter
XP_057807734.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 37 404 5.5e-30 105.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057807734.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 61 454 1.1e-89 302.1 Sugar (and other) transporter
XP_057807735.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 31 425 5.5e-78 263.6 Sugar (and other) transporter
XP_057807736.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 31 424 2.1e-80 271.6 Sugar (and other) transporter
XP_057807736.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 38 374 2.7e-18 66.7 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951752.1
TTTTATACAAAATGTATCCGACATGAGACGACGATGTGGTTGTGAGAGTCTTAGTAGTCCACGCCACTTTCCTGCTTCCAACTAAAATGGCTGATGAAGTGAGTAACAGCAGCAGCCGCCCTTTGCTTCCGGCCTCGGCCTCCGCCACCGCTCTTCTTCTTCTAAGCACCTTCGTCGCTGTGTCTGGATCCTACGTCTTTGGTTGTGCTGTCGGGTTTTCGTCTCCTGCTCAATCCGGGATTCTCACCGATCTTGGCCTC...
XM_057951753.1
TTTTATACAAAATGTATCCGACATGAGACGACGATGTGGTTGTGAGAGTCTTAGTAGTCCACGCCACTTTCCTGCTTCCAACTAAAATGGCTGATGAAGTGAGTAACAGCAGCAGCCGCCCTTTGCTTCCGGCCTCGGCCTCCGCCACCGCTCTTCTTCTTCTAAGCACCTTCGTCGCTGTGTCTGGATCCTACGTCTTTGGTTGTGCTGTCGGGTTTTCGTCTCCTGCTCAATCCGGGATTCTCACCGATCTTGGCCTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022303
ATGGCTGATGAAGTGAGTAACAGCAGCAGCCGCCCTTTGCTTCCGGCCTCGGCCTCCGCCACCGCTCTTCTTCTTCTAAGCACCTTCGTCGCTGTGTCTGGATCCTACGTCTTTGGTTGTGCTGTCGGGTTTTCGTCTCCTGCTCAATCCGGGATTCTCACCGATCTTGGCCTCACATTATCAGAGGCAATGTGGTTCGCAGAGTTGTTCAATCTTGTTGGATGGCTTGCAATAGCCTTGTCTAAGAATGCTCTGTGGCT...
LOC131022303
ATGGCTGATGAAGTGAGTAACAGCAGCAGCCGCCCTTTGCTTCCGGCCTCGGCCTCCGCCACCGCTCTTCTTCTTCTAAGCACCTTCGTCGCTGTGTCTGGATCCTACGTCTTTGGTTGTGCTGTCGGGTTTTCGTCTCCTGCTCAATCCGGGATTCTCACCGATCTTGGCCTCACATTATCAGAGGCAATGTGGTTCGCAGAGTTGTTCAATCTTGTTGGATGGCTTGCAATAGCCTTGTCTAAGAATGCTCTGTGGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807733.1
MADEVSNSSSRPLLPASASATALLLLSTFVAVSGSYVFGCAVGFSSPAQSGILTDLGLTLSEYSLFGSISTIGAMVGAVLSGKLADLLGRKGAMWFAELFNLVGWLAIALSKNALWLDIGRLSTGFGVGLLSYVVPVYIAEITPKNLRGAFTAANQVILFPRAVFVIFTSELLNKKGRNVISGTIPCLIQLVGLFFVPESPRWLAKVGKWDGSEASLLRLRGRNADIFEEAAEIREYTRSLEQLKESGLMDLFQRKYAHS...
XP_057807734.1
MADEVSNSSSRPLLPASASATALLLLSTFVAVSGSYVFGCAVGFSSPAQSGILTDLGLTLSEYSLFGSISTIGAMVGAVLSGKLADLLGRKGAMWFAELFNLVGWLAIALSKNALWLDIGRLSTGFGVGLLSYVVPVYIAEITPKNLRGAFTAANQLMICCGVSVMFLIGNVITWRLLALTGTIPCLIQLVGLFFVPESPRWLAKVGKWDGSEASLLRLRGRNADIFEEAAEIREYTRSLEQLKESGLMDLFQRKYAHSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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