Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000418`

染色体: Chr04 坐标: 4417814-4419641 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000418`
名称	SmilChr04G000418
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	4417814 - 4419641 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022879`
GeneID	`131022879`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022879`
原始查询	`SmilChr04G000418`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=30.1; qcov=0.754; evalue=1.64e-66; confidence=low
Rice	`Os06g0166100` - identity=34.7; qcov=0.752; evalue=4.3e-82; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022879

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808407.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057808407.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808407.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808407.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808407.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:4418138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:4418209`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418209`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418212`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418212`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418234`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418234`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418238`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418238`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B122,B129,B53,B76,C40
`Chr4:4418316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A10,A3,B100,B111,B120,B62,B65,B83,B87,B91,B99,C11,C16,C59,C62,C69,D3
`Chr4:4418322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808407.1

533 aa

266

533

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

SWIM

PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 42-136 aa PF10551 MULE 63-157 aa PF04434 SWIM 353-379 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808407.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	42	136	2.3e-07	31.5	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057808407.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	63	157	4.1e-28	98.3	MULE transposase domain
`XP_057808407.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	353	379	0.00017	21.7	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952424.1
ATGGCGATGACGACAAGCGGGATTGGCGTGAGCGATGTTGATGCAAACAAGTTGTACGAGTTTTTGACGCAGAAAGGATTGACCGATCCTTCTTTTTATTGGAAGCTGAAGGGCGATAGTGGGCGTTTGGAAAATTTATTTTTTAGGGACTCTCGCTGTTTGATTGATTACCAACACTTTGGTGATGTGTTATTTGTGGATTCGACTTTCAAAACAAACAAGTATGGCCTTGTTTGTGTACCGTTTATTGGAATCAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022879
ATGGCGATGACGACAAGCGGGATTGGCGTGAGCGATGTTGATGCAAACAAGTTGTACGAGTTTTTGACGCAGAAAGGATTGACCGATCCTTCTTTTTATTGGAAGCTGAAGGGCGATAGTGGGCGTTTGGAAAATTTATTTTTTAGGGACTCTCGCTGTTTGATTGATTACCAACACTTTGGTGATGTGTTATTTGTGGATTCGACTTTCAAAACAAACAAGTATGGCCTTGTTTGTGTACCGTTTATTGGAATCAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808407.1
MAMTTSGIGVSDVDANKLYEFLTQKGLTDPSFYWKLKGDSGRLENLFFRDSRCLIDYQHFGDVLFVDSTFKTNKYGLVCVPFIGINHHRTNVMFAIAFLSNEKTESYEWLFRTFLECMYGKEPSVIFSDQDQALMNGVDLCFRGASHRLCQWHINKNVANHFGRLNGNKEFKSLWYRCMDGCETDEQFEIVWNGMIEQYNLSDNRRFSNMYTLRRWWSSAFICDKFCGGLHATSRSEVTNKVLKYLCSGSSSIHEFVLAF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器