当前解析结果
SmilChr04G000427| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000427 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000427 |
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 4528979 - 4529751 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022314 |
|---|---|
| GeneID | 131022314 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022314 |
| 原始查询 | SmilChr04G000427 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 产物 | dirigent protein 21-like |
| Arabidopsis | AT1G65870 (AT1G65870)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898] identity=41.3; qcov=0.777; evalue=1.14e-32; confidence=medium |
| Rice | Os12g0174700- identity=38.5; qcov=0.674; evalue=5.42e-24; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022314 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057807744.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057807744.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807744.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807744.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807744.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:4529159 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr4:4529159 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:4529275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B98 |
Chr4:4529461 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B87,C78,D9 |
Chr4:4529481 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,A25,B12 |
Chr4:4529596 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,D11 |
Chr4:4529627 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,D11 |
Chr4:4529691 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 85 | A1,A11,A14,A15,A18,A23,A3,A5,A7,A8,B11,B119,B120,B122,B124,B128,B133,B137,B138,B15,B19,B21,B22,B24,B28,B29,B30,B31,B32,B36,B41,B42,B43,B50,B51,B52,B54,B55,B57,B58,B62,B69,B74,B79,B81,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B93,C10,C15,C16,C17,C24,C25,C27,C3,C30,C31,C34,C38,C39,C49,C52,C54,C55,C58,C6,C63,C70,C75,C76,C78,C80,C85,C86,D10,D11,D4,D5,D9 |
Chr4:4529696 |
T |
TGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 81 | A1,A11,A14,A15,A18,A23,A3,A5,A7,A8,B11,B119,B120,B122,B124,B128,B133,B137,B138,B15,B19,B21,B22,B24,B28,B29,B30,B31,B32,B36,B41,B42,B43,B50,B51,B52,B54,B55,B57,B58,B69,B74,B79,B81,B84,B86,B87,B89,B90,B91,B93,C15,C16,C17,C24,C25,C27,C3,C30,C31,C34,C38,C39,C49,C52,C54,C55,C58,C6,C63,C70,C75,C76,C78,C80,C85,C86,D10,D4,D5,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807744.1PF03018
Dirigent 51-189 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807744.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 51 | 189 | 1.2e-33 | 116.6 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。