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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000427

染色体: Chr04 坐标: 4528979-4529751 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000427
名称SmilChr04G000427
描述dirigent protein 21-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向4528979 - 4529751 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022314
GeneID131022314
locus_tag-
NCBI NameLOC131022314
原始查询SmilChr04G000427

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 21-like
产物dirigent protein 21-like
ArabidopsisAT1G65870 (AT1G65870)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898]
identity=41.3; qcov=0.777; evalue=1.14e-32; confidence=medium
RiceOs12g0174700
-
identity=38.5; qcov=0.674; evalue=5.42e-24; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057807744.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057807744.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807744.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807744.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807744.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:4529159 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr4:4529159 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr4:4529275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B98
Chr4:4529461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B87,C78,D9
Chr4:4529481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A25,B12
Chr4:4529596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,D11
Chr4:4529627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,D11
Chr4:4529691 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 85 A1,A11,A14,A15,A18,A23,A3,A5,A7,A8,B11,B119,B120,B122,B124,B128,B133,B137,B138,B15,B19,B21,B22,B24,B28,B29,B30,B31,B32,B36,B41,B42,B43,B50,B51,B52,B54,B55,B57,B58,B62,B69,B74,B79,B81,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B93,C10,C15,C16,C17,C24,C25,C27,C3,C30,C31,C34,C38,C39,C49,C52,C54,C55,C58,C6,C63,C70,C75,C76,C78,C80,C85,C86,D10,D11,D4,D5,D9
Chr4:4529696 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 81 A1,A11,A14,A15,A18,A23,A3,A5,A7,A8,B11,B119,B120,B122,B124,B128,B133,B137,B138,B15,B19,B21,B22,B24,B28,B29,B30,B31,B32,B36,B41,B42,B43,B50,B51,B52,B54,B55,B57,B58,B69,B74,B79,B81,B84,B86,B87,B89,B90,B91,B93,C15,C16,C17,C24,C25,C27,C3,C30,C31,C34,C38,C39,C49,C52,C54,C55,C58,C6,C63,C70,C75,C76,C78,C80,C85,C86,D10,D4,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807744.1
193 aa
N
1
96
193
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 51-189 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807744.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 51 189 1.2e-33 116.6 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951761.1
CTATAAGTAGTTGACAGTTCCTAATTAAGCTGATATACAATTTGCATGCACAAAAATACCACCAAGGAAATAAAAATGACAATTTTTGTAGTATTTTGGACAATAATGATAGTAGCCACGGCAACTTCCAATCCCATAGACCAAAGCCCCAAAGCCGTCGGAAAATGGGCGGAGAGTCTCCGGCGAGAAAAGCTGACGAAGCTCCACTTCTTCTGCCACCACCTCCACGGCGCAACAGCCGTGTCCATCGCCAAAGCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022314
ATGCACAAAAATACCACCAAGGAAATAAAAATGACAATTTTTGTAGTATTTTGGACAATAATGATAGTAGCCACGGCAACTTCCAATCCCATAGACCAAAGCCCCAAAGCCGTCGGAAAATGGGCGGAGAGTCTCCGGCGAGAAAAGCTGACGAAGCTCCACTTCTTCTGCCACCACCTCCACGGCGCAACAGCCGTGTCCATCGCCAAAGCCCCCACCACCGACGCCTCGCCGACGCTCTTCGGCTTGCTCGACACGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807744.1
MHKNTTKEIKMTIFVVFWTIMIVATATSNPIDQSPKAVGKWAESLRREKLTKLHFFCHHLHGATAVSIAKAPTTDASPTLFGLLDTRDDPVTVGPEKSSERVGYAQGISAAASLQEISSFDPFTILFTNREFNGSTLAVMGSCPLSSPACEAAVIGGSGFFRLARGVLTTKAYYLNFTTGAASVEINAMLLHY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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