当前解析结果
SmilChr04G000433| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000433 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000433 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 67-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 4602208 - 4604343 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022320 |
|---|---|
| GeneID | 131022320 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022320 |
| 原始查询 | SmilChr04G000433 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 67-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 67-like |
| Arabidopsis | AT4G27410 (RD26)NAC (No Apical Meristem) domain transcriptional regulator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828849] identity=43.1; qcov=0.477; evalue=1.96e-37; confidence=medium |
| Rice | Os03g0815100 (SNAC1)- identity=40.8; qcov=0.546; evalue=3.43e-37; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022320 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057807750.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807750.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807750.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057807750.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057807750.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:4602269 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 32 | B109,B111,B122,B13,B17,B23,B4,B44,B50,B55,B64,B65,B73,B94,B99,C11,C16,C24,C33,C34,C37,C41,C49,C5,C56,C59,C67,C69,C79,D11,D3,D8 |
Chr4:4602281 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 95 | A1,A16,A19,A2,A24,A3,A6,B103,B106,B11,B111,B112,B118,B120,B122,B123,B125,B126,B13,B132,B134,B136,B15,B17,B22,B23,B24,B29,B41,B42,B46,B48,B49,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B64,B65,B70,B71,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B86,B88,B95,B96,C11,C13,C14,C19,C22,C23,C25,C29,C32,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C47,C54,C56,C59,C62,C67,C68,C69,C7,C71,C74,C78,C79,C8,C81,C85,C9,D10,D3,D7,D9 |
Chr4:4602288 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B132,B26,B9,C3 |
Chr4:4602288 |
A |
AAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B132,B26,B9,C3 |
Chr4:4603419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr4:4603978 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 23 | A24,B1,B105,B136,B14,B23,B29,B50,B57,B63,B71,B73,B80,B82,B84,C11,C18,C33,C44,C52,C59,C64,C75 |
Chr4:4603981 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B125 |
Chr4:4603981 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr4:4604188 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B10,B109,B123,B28,C24,C33 |
Chr4:4604212 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807750.1PF02365
NAM 53-175 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807750.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 53 | 175 | 2.1e-31 | 109.6 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。