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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000433

染色体: Chr04 坐标: 4602208-4604343 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000433
名称SmilChr04G000433
描述NAC domain-containing protein 67-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向4602208 - 4604343 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022320
GeneID131022320
locus_tag-
NCBI NameLOC131022320
原始查询SmilChr04G000433

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 67-like
产物NAC domain-containing protein 67-like
ArabidopsisAT4G27410 (RD26)
NAC (No Apical Meristem) domain transcriptional regulator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828849]
identity=43.1; qcov=0.477; evalue=1.96e-37; confidence=medium
RiceOs03g0815100 (SNAC1)
-
identity=40.8; qcov=0.546; evalue=3.43e-37; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022320

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807750.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807750.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807750.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807750.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057807750.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:4602269 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 32 B109,B111,B122,B13,B17,B23,B4,B44,B50,B55,B64,B65,B73,B94,B99,C11,C16,C24,C33,C34,C37,C41,C49,C5,C56,C59,C67,C69,C79,D11,D3,D8
Chr4:4602281 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 95 A1,A16,A19,A2,A24,A3,A6,B103,B106,B11,B111,B112,B118,B120,B122,B123,B125,B126,B13,B132,B134,B136,B15,B17,B22,B23,B24,B29,B41,B42,B46,B48,B49,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B64,B65,B70,B71,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B86,B88,B95,B96,C11,C13,C14,C19,C22,C23,C25,C29,C32,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C47,C54,C56,C59,C62,C67,C68,C69,C7,C71,C74,C78,C79,C8,C81,C85,C9,D10,D3,D7,D9
Chr4:4602288 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B132,B26,B9,C3
Chr4:4602288 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 4 B132,B26,B9,C3
Chr4:4603419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr4:4603978 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 23 A24,B1,B105,B136,B14,B23,B29,B50,B57,B63,B71,B73,B80,B82,B84,C11,C18,C33,C44,C52,C59,C64,C75
Chr4:4603981 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B125
Chr4:4603981 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B125
Chr4:4604188 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B10,B109,B123,B28,C24,C33
Chr4:4604212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807750.1
350 aa
N
1
175
350
NAM
C
PF02365 NAM 53-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807750.1 Pfam PF02365 NAM Family 53 175 2.1e-31 109.6 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951767.1
TAGATTTGATGCTATACTCTCTCTCTTTATATATATATTTACTCATAGAGAAGAAGATCGACGAAATATTTACTAATTATAATATATATATTGTGAAGATGATGAAGGAATGTGGTTCAAGTAGTTCAAGCTCATCATCTTCATCAATTGGAGATCATCTACTGCCGGGGTATCGCTTTGTGCCCACTGATTATGAATTACTGATTCACCTCCACTACAAAATCAACCATGGCGTCGCCCTAACTCCGCATATCAGAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022320
ATGCTATACTCTCTCTCTTTATATATATATTTACTCATAGAGAAGAAGATCGACGAAATATTTACTAATTATAATATATATATTGTGAAGATGATGAAGGAATGTGGTTCAAGTAGTTCAAGCTCATCATCTTCATCAATTGGAGATCATCTACTGCCGGGGTATCGCTTTGTGCCCACTGATTATGAATTACTGATTCACCTCCACTACAAAATCAACCATGGCGTCGCCCTAACTCCGCATATCAGAGACGTCCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807750.1
MLYSLSLYIYLLIEKKIDEIFTNYNIYIVKMMKECGSSSSSSSSSSIGDHLLPGYRFVPTDYELLIHLHYKINHGVALTPHIRDVRLYDFHPQALTETYPAVGDNEWYFFTPRNRKHPKGFRPDRVAGGGFWRATATVKKVKHEGRVIGQKQTLVYHTGINKQSEKTSWMMHEYTAHRDHPTAITRANRATLDEWVLCRVYEKTTKVKGMDRQEDVVETQIHDQQFANSMIHAWGQINQQDFPSHPLLPAQQFNNVNIGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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