当前解析结果
SmilChr04G000446| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000446 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000446 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000446 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 4756141 - 4758786 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022330 |
|---|---|
| GeneID | 131022330 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022330 |
| 原始查询 | SmilChr04G000446 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Uncharacterized protein family (UPF0114) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831217]; symbol=AT5G13720; hit=AT5G13720; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Uncharacterized protein family (UPF0114) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831217]; symbol=AT5G13720; hit=AT5G13720; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G13720 (AT5G13720)Uncharacterized protein family (UPF0114) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831217] identity=81.5; qcov=0.732; evalue=4.28e-120; confidence=high |
| Rice | Os07g0656700 (P0047B07.113)- identity=68.3; qcov=0.889; evalue=5.72e-112; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03350 (UPF0114) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022330 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057807769.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057807769.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807769.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807769.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807769.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:4756380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr4:4756408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B63 |
Chr4:4756424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B42,B43,B58 |
Chr4:4758268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807769.1PF03350
UPF0114 104-242 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807769.1 |
Pfam | PF03350 |
UPF0114 | Family | 104 | 242 | 2.1e-33 | 115.8 | Uncharacterized protein family, UPF0114 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。