Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000449`

染色体: Chr04 坐标: 4759286-4761036 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000449`
名称	SmilChr04G000449
描述	RNA polymerase sigma factor sigD, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	4759286 - 4761036 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022329`
GeneID	`131022329`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022329`
原始查询	`SmilChr04G000449`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase sigma factor sigD, chloroplastic-like
产物	RNA polymerase sigma factor sigD%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G13730` (SIG4) sigma factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831218] identity=51.5; qcov=0.711; evalue=2.07e-97; confidence=high
Rice	`Os11g0448400` (OsSIG2A) - identity=36.9; qcov=0.669; evalue=3.72e-51; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04539 (Sigma70_r3); PF04542 (Sigma70_r2); PF04545 (Sigma70_r4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057807767.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057807767.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807767.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807767.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807767.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:4759427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B15,B2,B82,D7
`Chr4:4759490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C56
`Chr4:4759512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C56
`Chr4:4759533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B6,C63
`Chr4:4759747`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A5,B48
`Chr4:4759747`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A5,B48
`Chr4:4759758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr4:4759777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B30,B66,C67,C79
`Chr4:4759781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B35,B60,C64
`Chr4:4759820`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A15,A5,A6,B105,B12,B123,B134,B17,B39,B55,B56,B58,B62,B73,B85,C20,C24,C32,C33,C41,C43,C61,C76,C79,D11,D8
`Chr4:4759825`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	28	A15,A5,A6,B105,B12,B122,B123,B134,B17,B27,B39,B55,B56,B58,B62,B73,B85,C20,C24,C32,C33,C41,C43,C61,C76,C79,D11,D8
`Chr4:4759849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B43,B90,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807767.1

431 aa

216

431

Sigma70_r3

Sigma70_r4

PF04539 Sigma70_r3 280-356 aa PF04545 Sigma70_r4 369-422 aa

XP_057807768.1

429 aa

214

429

Sigma70_r2

Sigma70_r3

Sigma70_r4

PF04542 Sigma70_r2 200-267 aa PF04539 Sigma70_r3 278-354 aa PF04545 Sigma70_r4 367-420 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807767.1`	Pfam	`PF04539`	Sigma70_r3	Family	280	356	6.2e-16	59.0	Sigma-70 region 3
`XP_057807767.1`	Pfam	`PF04545`	Sigma70_r4	Domain	369	422	1.8e-15	56.9	Sigma-70, region 4
`XP_057807768.1`	Pfam	`PF04542`	Sigma70_r2	Domain	200	267	7e-20	71.3	Sigma-70 region 2
`XP_057807768.1`	Pfam	`PF04539`	Sigma70_r3	Family	278	354	6.3e-16	59.0	Sigma-70 region 3
`XP_057807768.1`	Pfam	`PF04545`	Sigma70_r4	Domain	367	420	2.4e-15	56.5	Sigma-70, region 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951784.1
ATGCAATAATATCTCCAAATTATTGGACACGGTTATTTCAATCTGGATGCTCTCCTTCACCATCACCTGCACATATGCATATGGCCATGGCCATACGCTCATGCTCAAACCATTCACCACCATTCCCAAATATGCCATTCTCCTCATACTCTACTAAACCACATCTCTGCATTTCAAGTTATGCCACTCTCCCTCTACATGCTCAATCTTCATCACATTACAGCTGCAGCGCGCTTCAACAAGATACACTCGTAGTGACC...

XM_057951785.1
TGCAATAATATCTCCAAATTATTGGACACGGTTATTTCAATCTGGATGCTCTCCTTCACCATCACCTGCACATATGCATATGGCCATGGCCATACGCTCATGCTCAAACCATTCACCACCATTCCCAAATATGCCATTCTCCTCATACTCTACTAAACCACATCTCTGCATTTCAAGTTATGCCACTCTCCCTCTACATGCTCAATCTTCATCACATTACAGCTGCAGCGCGCTTCAACAAGATACACTCGTAGTGACCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022329
ATGCATATGGCCATGGCCATACGCTCATGCTCAAACCATTCACCACCATTCCCAAATATGCCATTCTCCTCATACTCTACTAAACCACATCTCTGCATTTCAAGTTATGCCACTCTCCCTCTACATGCTCAATCTTCATCACATTACAGCTGCAGCGCGCTTCAACAAGATACACTCGTAGTGACCGGTGGCGGAATTCCGCCGCTCGCCGGAGCTGCGACGCCTTCGCCCCGTAGGATATTGGAGAGAGAAAGTGGATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807767.1
MHMAMAIRSCSNHSPPFPNMPFSSYSTKPHLCISSYATLPLHAQSSSHYSCSALQQDTLVVTGGGIPPLAGAATPSPRRILERESGCDEATIRRKRRRRRKRRNTLERIYNDDDEEEEEDEIVFSNKKAGKSRFMSPKEEARFSWYLKERARVEAARRELVAEKGGDEVSSNEWAKAAGISRRKLDKILWNGRESEKRIISCYHGLVVSIASSYLGRGLSLQDLAQHRPSSRGDQIRSRKGLQAINIRLLVDQAIHHKSS...

XP_057807768.1
MHMAMAIRSCSNHSPPFPNMPFSSYSTKPHLCISSYATLPLHAQSSSHYSCSALQQDTLVVTGGGIPPLAGAATPSPRRILERESGCDEATIRRKRRRRRKRRNTLERIYNDDDEEEEEDEIVFSNKKAGKSRFMSPKEEARFSWYLKERARVEAARRELVAEKGGDEVSSNEWAKAAGISRRKLDKILWNGRESEKRIISCYHGLVVSIASSYLGRGLSLQDLAQEGSIGLLRGAIKFDPEKGYKLSTYAYWWIRQSIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器