当前解析结果
SmilChr04G000463| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000463 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000463 |
| 描述 | anthranilate synthase beta subunit 1, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 4947115 - 4949983 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022345 |
|---|---|
| GeneID | 131022345 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022345 |
| 原始查询 | SmilChr04G000463 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anthranilate synthase beta subunit 1, chloroplastic-like |
| 产物 | anthranilate synthase beta subunit 1%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT1G25220 (ASB1)anthranilate synthase beta subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839103] identity=67.2; qcov=1.01; evalue=1.62e-131; confidence=high |
| Rice | Os03g0718000 (ASB2)- identity=76.5; qcov=0.742; evalue=1.04e-119; confidence=high |
| GO | GO:0000162 (L-tryptophan biosynthetic process); GO:0005829 (cytosol) |
| KEGG | smil00400 (Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00117 (GATase); PF07722 (Peptidase_C26) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022345 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057807783.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057807783.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807783.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807783.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807783.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:4947384 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C56 |
Chr4:4947414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:4947656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C75 |
Chr4:4949497 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C20 |
Chr4:4949570 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807783.1PF00117
GATase 76-263 aa
PF07722
Peptidase_C26 144-248 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807783.1 |
Pfam | PF00117 |
GATase | Domain | 76 | 263 | 4e-52 | 177.4 | Glutamine amidotransferase class-I |
XP_057807783.1 |
Pfam | PF07722 |
Peptidase_C26 | Domain | 144 | 248 | 1e-10 | 42.5 | Peptidase C26 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。