Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000469`

染色体: Chr04 坐标: 5018342-5019145 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000469`
名称	SmilChr04G000469
描述	uncharacterized SmilChr04G000469
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5018342 - 5019145 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022888`
GeneID	`131022888`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022888`
原始查询	`SmilChr04G000469`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]; symbol=AT3G47680; hit=AT3G47680; species=arabidopsis; confidence=low
产物	DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]; symbol=AT3G47680; hit=AT3G47680; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=28.1; qcov=1; evalue=1.75e-11; confidence=low
Rice	`Os12g0169300` - identity=27.4; qcov=0.427; evalue=1.96e-07; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808415.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808415.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808415.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808415.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808415.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5018355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr4:5018377`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A10,A25,A7,B110,B119,B121,B128,B131,B136,B15,B22,B26,B27,B29,B36,B4,B40,B42,B52,B57,B60,B62,B66,B72,B81,B99,C19,C30,C42,C50,C54,C57,C60,D7
`Chr4:5018378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B118,B16,B35,C30
`Chr4:5018397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C37,C80
`Chr4:5018409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A19,B114,B39,B98
`Chr4:5018409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B114,B39,B98
`Chr4:5018414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	68	A11,A13,A14,A15,A19,A21,A25,A3,A7,A8,B115,B120,B123,B129,B133,B137,B18,B24,B25,B26,B28,B3,B30,B32,B46,B50,B53,B6,B62,B66,B68,B69,B71,B73,B76,B78,B8,B85,B86,B93,C15,C16,C24,C25,C28,C31,C32,C34,C4,C41,C48,C49,C58,C6,C61,C62,C63,C67,C68,C72,C78,C79,C82,C9,D2,D3,D4,D6
`Chr4:5018417`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B114,B39
`Chr4:5018467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr4:5018487`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B67,C30,C76
`Chr4:5018487`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B67,C30,C76
`Chr4:5018493`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B106

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952432.1
ATGTCATCTTGGTGTATCGCTAGTGAAGATAATGTACATGGCAGACATCAAAAAGGTTTATCTCTGTGGACACGAGTTCACAAGTTGTATGAACAAGCTCAAGCAGATAATCCAGAAGAACTCAGCGAAAGAAATGTCGATATGATAAAAGGTCGTTGGAAACGACTAAATGAAAATGGAAACAAGTGGCTTGCTGCTTGCAAGGAAGCATATAGTCGGAAAAGGAGTGGAATGAGCCAAGCAGATGTTGAAAAAGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022888
ATGTCATCTTGGTGTATCGCTAGTGAAGATAATGTACATGGCAGACATCAAAAAGGTTTATCTCTGTGGACACGAGTTCACAAGTTGTATGAACAAGCTCAAGCAGATAATCCAGAAGAACTCAGCGAAAGAAATGTCGATATGATAAAAGGTCGTTGGAAACGACTAAATGAAAATGGAAACAAGTGGCTTGCTGCTTGCAAGGAAGCATATAGTCGGAAAAGGAGTGGAATGAGCCAAGCAGATGTTGAAAAAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808415.1
MSSWCIASEDNVHGRHQKGLSLWTRVHKLYEQAQADNPEELSERNVDMIKGRWKRLNENGNKWLAACKEAYSRKRSGMSQADVEKEAHAIYNETCGCRFQDLVVFNEVMYEVSNEESGGSSKRSRTSEHGDYSAPSNPETPTSDCSTIPRPIGRDKAKRKGKGKISESSSNNEVVAEIRALRLTKDNEVEAMTKLHEARVDLELKKEQRKAIKMKEVMLNTLLAKDNLSPEDEEMKRRLIEIVFRQSM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器