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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000475

染色体: Chr04 坐标: 5071729-5072562 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000475
名称SmilChr04G000475
描述uncharacterized SmilChr04G000475
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5071729 - 5072562 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022356
GeneID131022356
locus_tag-
NCBI NameLOC131022356
原始查询SmilChr04G000475

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleolin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837839]; symbol=AT1G12830; hit=AT1G12830; species=arabidopsis; confidence=low
产物nucleolin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837839]; symbol=AT1G12830; hit=AT1G12830; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G12830 (AT1G12830)
nucleolin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837839]
identity=58.6; qcov=0.435; evalue=5.09e-13; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807792.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057807792.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807792.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807792.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807792.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:5071970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:5072105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:5072243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B35,C20,C64,C66
Chr4:5072251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B35,C20,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951809.1
AAACATATTACTCCTTTGATAGTGAAATTCGACAAACCAGTACTCGCAAAACCCTAATTCCCAAACCCCAGCGGCAATGGCCGACGTCAAAACAGTTGATGAAGGAGGCGAATTCCCCGAAAAACGCAAGCTCGATCTCCAAAATTCCGTTAAGAAAGCCCTAGATGATTCAAAGGACACTGATGATTCGAGTAAGAGGCAGAAAATCGAAGTTCCCATCGGCAAAAACGGCTCCGTTCCACTTGTCGCTGGTGAAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022356
ATGGCCGACGTCAAAACAGTTGATGAAGGAGGCGAATTCCCCGAAAAACGCAAGCTCGATCTCCAAAATTCCGTTAAGAAAGCCCTAGATGATTCAAAGGACACTGATGATTCGAGTAAGAGGCAGAAAATCGAAGTTCCCATCGGCAAAAACGGCTCCGTTCCACTTGTCGCTGGTGAAAATGCAGCGAAATCGGAGGAACATGTGAATACCGTTGCTGCTGCTGCGGAGGAAGATGAGGACGACGATGAAGACGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807792.1
MADVKTVDEGGEFPEKRKLDLQNSVKKALDDSKDTDDSSKRQKIEVPIGKNGSVPLVAGENAAKSEEHVNTVAAAAEEDEDDDEDEEDYNADQDEDADENANGEAANVDRKGKGIMVDRKGKGKMIEDSDNEDSDGHVDDDDDSSDDSDSDFSDGLDESDLEDDPLAEVDLDNILPSRTRRSRAQPGVRISNDHDKGNDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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