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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000484

染色体: Chr04 坐标: 5229039-5240075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000484
名称SmilChr04G000484
描述O-fucosyltransferase 30
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5229039 - 5240075 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022365
GeneID131022365
locus_tag-
NCBI NameLOC131022365
原始查询SmilChr04G000484

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 30
产物O-fucosyltransferase 30
ArabidopsisAT4G17430 (AT4G17430)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827454]
identity=60.1; qcov=0.868; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0561200
-
identity=58.2; qcov=0.881; evalue=9.53e-177; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022365

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057807799.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807799.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807799.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807799.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807799.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:5229215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C50
Chr4:5229545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr4:5230513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B59,B63,C60
Chr4:5230519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C45
Chr4:5230778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B62,B9,B97
Chr4:5230836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:5230875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C11
Chr4:5230904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B37,B76,C37,D9
Chr4:5231119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B119,B25,C47,C51
Chr4:5231170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B119,B25,C47,C51
Chr4:5231187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B119,B25,C47,C51
Chr4:5231226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101243.1
GGGGCGCAGACACAACCATGAACATGAACGAACTTTTGAGTCCAAAAAAAGAATTTAATTTAATATTTTTATGTATTTATTTAAACTTGGACACAGTTGATTTAACATTTCATTCTCAGTTGGAAAAATCATGAATAGATAAAGGAAAATCTAGACGGAATTGAGATGGATTTCGGCCACCGTCATGGCGGCGGAGTTGCCGGAAAATGGAAGAGGAAGCCCACAATTCTCCACACTCACAGAACACCGCTCCTCCTCGC...
XR_009101245.1
GAACATGAACGAACTTTTGAGTCCAAAAAAAGAATTTAATTTAATATTTTTATGTATTTATTTAAACTTGGACACAGTTGATTTAACATTTCATTCTCAGTTGGAAAAATCATGAATAGATAAAGGAAAATCTAGACGGAATTGAGATGGATTTCGGCCACCGTCATGGCGGCGGAGTTGCCGGAAAATGGAAGAGGAAGCCCACAATTCTCCACACTCACAGAACACCGCTCCTCCTCGCCGCCTTCACAGTAATCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022365
ATGGATTTCGGCCACCGTCATGGCGGCGGAGTTGCCGGAAAATGGAAGAGGAAGCCCACAATTCTCCACACTCACAGAACACCGCTCCTCCTCGCCGCCTTCACAGTAATCGTTCTCTTCATCTCCTCGAAAATCTTCATTTCTCCTTCTCTCCTTCCACTTTCCCGAGACTCACGGCCTCCCCTCGGGCGGCGATGCGCCAGCTCCACAGGGGAGAAGTTCCTCTGGTATGCGCCCCACAGTGGGTTCAGCAACCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807799.1
MDFGHRHGGGVAGKWKRKPTILHTHRTPLLLAAFTVIVLFISSKIFISPSLLPLSRDSRPPLGRRCASSTGEKFLWYAPHSGFSNQLSEFRNAIIMAAILNRTLIVPPVLDHHAVALGSCPKFRVLDPNELRFRVWNHSIQLIRDRRYLSMADIVDLSSLVATSAVRFMDFRVFVSEWCDVNLNLACTVDSSMHSSLLEKLRQCGSLLSGFDGNVDACLFASQEDCRTTVWTYQTDDGVLDSFQADKELKKKRKISSSRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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