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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000486

染色体: Chr04 坐标: 5235810-5236573 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000486
名称SmilChr04G000486
描述uncharacterized SmilChr04G000486
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5235810 - 5236573 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022890
GeneID131022890
locus_tag-
NCBI NameLOC131022890
原始查询SmilChr04G000486

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817994]; symbol=AT2G34320; hit=AT2G34320; species=arabidopsis; confidence=low
产物Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817994]; symbol=AT2G34320; hit=AT2G34320; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G34320 (AT2G34320)
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817994]
identity=28.1; qcov=0.824; evalue=8.13e-10; confidence=low
RiceOs01g0930300
-
identity=29.4; qcov=0.429; evalue=5.65e-06; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG-
PfamPF13456 (RVT_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022890

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808417.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808417.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057808417.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808417.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808417.1
238 aa
N
1
119
238
RVT_3
C
PF13456 RVT_3 98-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808417.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 98 217 5.2e-24 85.2 Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952434.1
ATGCTCTTCGGGACTCCAGTAGTGCAAGGATTGGAGTTTTCCATTGTGGAATGGTTTGACAAGATTAGATCCTGCCCTCACCATGAAGTTCATGCTCTTTTTGCTTCTCTTGCTTGGGCTTGTTGGTATGCGAGGAATTTACTTGTCTTTCAGAATAAAGAACTATCACATATTGATTGTTTGAGAATTGCTGAACGTGCTCTCTGGTCTAAACCTATATGTGTTGCTGCTCCTCATCATTCTGCTCCCACTTTGAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022890
ATGCTCTTCGGGACTCCAGTAGTGCAAGGATTGGAGTTTTCCATTGTGGAATGGTTTGACAAGATTAGATCCTGCCCTCACCATGAAGTTCATGCTCTTTTTGCTTCTCTTGCTTGGGCTTGTTGGTATGCGAGGAATTTACTTGTCTTTCAGAATAAAGAACTATCACATATTGATTGTTTGAGAATTGCTGAACGTGCTCTCTGGTCTAAACCTATATGTGTTGCTGCTCCTCATCATTCTGCTCCCACTTTGAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808417.1
MLFGTPVVQGLEFSIVEWFDKIRSCPHHEVHALFASLAWACWYARNLLVFQNKELSHIDCLRIAERALWSKPICVAAPHHSAPTLSNEGEGVCKIASDAAMKEGSGVGIGAVLRQEEGQLMGCRFGFLRGAFSVVEGEALALLEGLKLCREKGVREVIAETDCQQLYWMLARHDRDLSYLGDTLEEIHLLKGSFQRLAFSWTPREGNSTADSLASFALNSLCCLSSFNVLPVAVNSHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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