Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000499`

染色体: Chr04 坐标: 5456649-5458870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000499`
名称	SmilChr04G000499
描述	uncharacterized SmilChr04G000499
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5456649 - 5458870 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022379`
GeneID	`131022379`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022379`
原始查询	`SmilChr04G000499`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03478 (Beta-prop_KIB1-4); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022379

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057807809.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057807809.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807810.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807809.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807809.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5456885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B82
`Chr4:5456896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B78,C64
`Chr4:5456920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C67
`Chr4:5456999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr4:5457166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B82
`Chr4:5457246`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B100,C13,C38,C48
`Chr4:5457376`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C30,C43
`Chr4:5457376`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C30,C43
`Chr4:5457687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B36,B90,B92
`Chr4:5457904`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,D11
`Chr4:5457977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B27,B99,C57
`Chr4:5458291`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	18	A21,A9,B107,B119,B13,B140,B5,B54,B76,C11,C34,C47,C50,C51,C56,C60,C69,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807809.1

428 aa

214

428

FBA_3

Beta-prop_KIB1-4

FBA_1

PF08268 FBA_3 50-240 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 51-208 aa PF07734 FBA_1 59-196 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807809.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	50	240	4.8e-09	36.4	F-box associated beta propeller domain
`XP_057807809.1`	Pfam	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	Repeat	51	208	1e-07	32.5	KIB1-4 beta-propeller
`XP_057807809.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	59	196	8.2e-13	48.7	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009101257.1
TCCGTAGTGCCTCCTCCAAACACGAAATAAAATATATGACGCTTAGGTTCATTCCCTTTCTTCCAAATCCATCAAATTTTGATCGACGATGAAGAATTCCGACAACAAACGGCTTCTCGTGATACGTAGCTGTGGAAAGTCGGGTAAGTATCAATTTACCGCTCTTTCTCCGCGAGATTTATCTAAAATCGGTGACGAAAGTTTCGACCTTCCTTTTCTGTATCCAAGGCCAGAAATTTCTTTTAACAGTTACCGGGATT...

XR_009101256.1
CGTAGTGCCTCCTCCAAACACGAAATAAAATATATGACGCTTAGGTTCATTCCCTTTCTTCCAAATCCATCAAATTTTGATCGACGATGAAGAATTCCGACAACAAACGGCTTCTCGTGATACGTAGCTGTGGAAAGTCGGGTAAGTATCAATTTACCGCTCTTTCTCCGCGAGATTTATCTAAAATCGGTGACGAAAGTTTCGACCTTCCTTTTCTGTATCCAAGGCCAGAAATTTCTTTTAACAGTTACCGGGATTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022379
ATGAAGAATTCCGACAACAAACGGCTTCTCGTGATACGTAGCTGTGGAAAGTCGGGTAAGTATCAATTTACCGCTCTTTCTCCGCGAGATTTATCTAAAATCGGTGACGAAAGTTTCGACCTTCCTTTTCTGTATCCAAGGCCAGAAATTTCTTTTAACAGTTACCGGGATTGGTTATGTATCTACGAAAATGGAGGCCATATTTATCTTTGGAACCCCACAACCAAACAGTTTCTGTTCTTTCCTACCAAGGAAGTCTC...

LOC131022379
ATGAAGAATTCCGACAACAAACGGCTTCTCGTGATACGTAGCTGTGGAAAGTCGGGTGTTGTTTGCATTTGGGATCGACATCCTAAACCCGGTGCTGATTATGAGCTCTGGGTATGGAGTGAAAATCCAAAGGGGTGGGATATAAAGTTTCGTGTGTCTCTTGGTGGCGCTGTGGGTAGACCACCGGGGACTATATACGGAACATTCTTGTTTCTTTGTGGAATGGCTGGCCAACCGGGTGATGATGAACATCGTCTAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807809.1
MKNSDNKRLLVIRSCGKSGKYQFTALSPRDLSKIGDESFDLPFLYPRPEISFNSYRDWLCIYENGGHIYLWNPTTKQFLFFPTKEVSVFDERKTSLVGACVSYDSDSKDYKILRVCEGDFPEGSFSRMSQTFELYSFREDSWNEIPFDNLKDVYMSGFRATSVSGKFYWLNLCDRIVSLDCIEKTLSYIDLPLQRRPFEFGNLVQFNGGDSLGVVCIWDRHPKPGADYELWVWSENPKGWDIKFRVSLGGAVGRPPGTIY...

XP_057807810.1
MKNSDNKRLLVIRSCGKSGVVCIWDRHPKPGADYELWVWSENPKGWDIKFRVSLGGAVGRPPGTIYGTFLFLCGMAGQPGDDEHRLVAYDWTKKDCKELGIRNYGSKIHVLCYVEGTDVLPHGKPINGSSFLINPHFVKGPERFRNCNRCNCNCHFVGKVPGIKILECKCSQPYHDAYKFDIEDFAENGFRILNDTEEEEEVGPDISKKQLALKPSAGNPDAQGGKKKKKKKNT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器