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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000514

染色体: Chr04 坐标: 5645670-5657433 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000514
名称SmilChr04G000514
描述protein LNK2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5645670 - 5657433 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022394
GeneID131022394
locus_tag-
NCBI NameLOC131022394
原始查询SmilChr04G000514

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LNK2
产物protein LNK2
ArabidopsisAT3G54500 (AT3G54500)
agglutinin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824615]
identity=36.7; qcov=0.59; evalue=1.25e-51; confidence=medium
RiceOs01g0498200
-
identity=42.4; qcov=0.334; evalue=9.22e-34; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0007623 (circadian rhythm)
KEGG-
PfamPF30476 (LNK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807821.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807821.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807821.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807821.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057807821.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:5651106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr4:5653155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr4:5656067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:5656071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:5656216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,D4
Chr4:5656229 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A15
Chr4:5656229 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 A15
Chr4:5656232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr4:5656672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B7,B96,C73
Chr4:5656735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr4:5656831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B75,C23
Chr4:5656852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807821.1
757 aa
N
1
378
757
LNK
C
PF30476 LNK 581-667 aa
XP_057807823.1
757 aa
N
1
378
757
LNK
C
PF30476 LNK 581-667 aa
XP_057807824.1
751 aa
N
1
376
751
LNK
C
PF30476 LNK 575-661 aa
XP_057807825.1
751 aa
N
1
376
751
LNK
C
PF30476 LNK 575-661 aa
XP_057807826.1
710 aa
N
1
355
710
LNK
C
PF30476 LNK 534-620 aa
XP_057807827.1
710 aa
N
1
355
710
LNK
C
PF30476 LNK 534-620 aa
XP_057807828.1
704 aa
N
1
352
704
LNK
C
PF30476 LNK 528-614 aa
XP_057807829.1
704 aa
N
1
352
704
LNK
C
PF30476 LNK 528-614 aa
XP_057807830.1
644 aa
N
1
322
644
LNK
C
PF30476 LNK 468-554 aa
XP_057807831.1
614 aa
N
1
307
614
LNK
C
PF30476 LNK 438-524 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807821.1 Pfam PF30476 LNK Domain 581 667 5.5e-27 94.9 LNK
XP_057807823.1 Pfam PF30476 LNK Domain 581 667 5.5e-27 94.9 LNK
XP_057807824.1 Pfam PF30476 LNK Domain 575 661 5.4e-27 95.0 LNK
XP_057807825.1 Pfam PF30476 LNK Domain 575 661 5.4e-27 95.0 LNK
XP_057807826.1 Pfam PF30476 LNK Domain 534 620 4.8e-27 95.1 LNK
XP_057807827.1 Pfam PF30476 LNK Domain 534 620 4.8e-27 95.1 LNK
XP_057807828.1 Pfam PF30476 LNK Domain 528 614 4.7e-27 95.1 LNK
XP_057807829.1 Pfam PF30476 LNK Domain 528 614 4.7e-27 95.1 LNK
XP_057807830.1 Pfam PF30476 LNK Domain 468 554 4.5e-27 95.2 LNK
XP_057807831.1 Pfam PF30476 LNK Domain 438 524 4.4e-27 95.2 LNK

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951843.1
ACAAATGAAAAATGACCAATGGCGAGGCACAAATAGATCCGAAGCACCATAGCCACCACTTTAGATACGCTGCGTCACACGAGCTTAACTTCACGTGCTTCTGGGCCCCACCTGTCCACTTGCTTGCAGCTGCACCTCTCTCTCTTTCCCCCCTCATTGCCCACTTTTTCTCTCCATCTCGAATCATCTCTTCCTCTTCTTTTGACTGTCTTCACTGTTTCAAACTGTCCACCGCATTCCTATCCTTTTTCTTTTTTTTT...
XM_057951845.1
ACAAATGAAAAATGACCAATGGCGAGGCACAAATAGATCCGAAGCACCATAGCCACCACTTTAGATACGCTGCGTCACACGAGCTTAACTTCACGTGCTTCTGGGCCCCACCTGTCCACTTGCTTGCAGCTGCACCTCTCTCTCTTTCCCCCCTCATTGCCCACTTTTTCTCTCCATCTCGAATCATCTCTTCCTCTTCTTTTGACTGTCTTCACTGTTTCAAACTGTCCACCGCATTCCTATCCTTTTTCTTTTTTTTT...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131022394
ATGTTTGATTGGAACGACGACGAGTTAACAAACATAATATGGGATGAGGCTGGGGAAAGTGATGATCATATTGTTCCATATCCTGATCAAGTTGAGGAGAAACCTTCAATTTTATTTGGCGATCCCCCTAAGAAAGAAAAAAATCAGCGAATTTCAAATGCTAGCCCTCCTGAAGTGAAAAATTCTCCCACCAGAGCTGAAGATGGGGTTGAACTAGATAGTAATTGCATTAATGATACTGGTGATCCCGAGACAGGATT...
LOC131022394
ATGTTTGATTGGAACGACGACGAGTTAACAAACATAATATGGGATGAGGCTGGGGAAAGTGATGATCATATTGTTCCATATCCTGATCAAGTTGAGGAGAAACCTTCAATTTTATTTGGCGATCCCCCTAAGAAAGAAAAAAATCAGCGAATTTCAAATGCTAGCCCTCCTGAAGTGAAAAATTCTCCCACCAGAGCTGAAGATGGGGTTGAACTAGATAGTAATTGCATTAATGATACTGGTGATCCCGAGACAGGATT...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057807821.1
MFDWNDDELTNIIWDEAGESDDHIVPYPDQVEEKPSILFGDPPKKEKNQRISNASPPEVKNSPTRAEDGVELDSNCINDTGDPETGFDHTSWSDCPDPSLSNVAKAEPDTAGAMITKNIAKSSEHGSIIDETAQFKKDSEIFENPPEDGEQGDFVDYGWANIGSFDDLDRIFSNQDPLFGNMSAGHADELWSPSKDVTSSPLGTTPLSGDSSDPQFGALRASIGQSEVKAEYMLDSSQTLGYKKLNEITSHAPQDVQASL...
XP_057807823.1
MFDWNDDELTNIIWDEAGESDDHIVPYPDQVEEKPSILFGDPPKKEKNQRISNASPPEVKNSPTRAEDGVELDSNCINDTGDPETGFDHTSWSDCPDPSLSNVAKAEPDTAGAMITKNIAKSSEHGSIIDETAQFKKDSEIFENPPEDGEQGDFVDYGWANIGSFDDLDRIFSNQDPLFGNMSAGHADELWSPSKDVTSSPLGTTPLSGDSSDPQFGALRASIGQSEVKAEYMLDSSQTLGYKKLNEITSHAPQDVQASL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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