Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000528

染色体: Chr04 坐标: 5810800-5820438 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000528
名称SmilChr04G000528
描述flowering time control protein FY
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5810800 - 5820438 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022410
GeneID131022410
locus_tag-
NCBI NameLOC131022410
原始查询SmilChr04G000528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述flowering time control protein FY
产物flowering time control protein FY
ArabidopsisAT5G13480 (FY)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831191]
identity=64.5; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0951000 (OsWD40-32)
-
identity=64.9; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005847 (mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex); GO:0006378 (GO:0006378)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40); PF12894 (ANAPC4_WD40); PF23381 (Beta-prop_IFT122_1st)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807859.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057807859.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807859.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807859.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807859.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:5811178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:5813580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:5813836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:5815946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:5816356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,C31,C49,C6
Chr4:5816401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:5816404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:5819043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:5819284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C48
Chr4:5819287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C32,C68
Chr4:5819356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:5819395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807859.1
746 aa
N
1
373
746
WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 176-208 aa PF00400 WD40 216-249 aa PF00400 WD40 261-292 aa PF12894 ANAPC4_WD40 289-359 aa PF00400 WD40 299-334 aa PF00400 WD40 338-376 aa PF12894 ANAPC4_WD40 347-399 aa PF00400 WD40 382-418 aa PF00400 WD40 430-461 aa
XP_057807860.1
745 aa
N
1
372
745
WD40
WD40
Beta-prop_IFT122_1st
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 176-208 aa PF00400 WD40 216-249 aa PF23381 Beta-prop_IFT122_1st 225-463 aa PF00400 WD40 261-292 aa PF12894 ANAPC4_WD40 289-359 aa PF00400 WD40 299-334 aa PF00400 WD40 338-376 aa PF12894 ANAPC4_WD40 347-399 aa PF00400 WD40 382-418 aa PF00400 WD40 430-461 aa
XP_057807861.1
743 aa
N
1
372
743
WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 176-208 aa PF00400 WD40 216-249 aa PF00400 WD40 261-292 aa PF12894 ANAPC4_WD40 289-359 aa PF00400 WD40 299-334 aa PF00400 WD40 338-376 aa PF12894 ANAPC4_WD40 347-399 aa PF00400 WD40 382-418 aa PF00400 WD40 430-461 aa
XP_057807862.1
742 aa
N
1
371
742
WD40
WD40
Beta-prop_IFT122_1st
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 176-208 aa PF00400 WD40 216-249 aa PF23381 Beta-prop_IFT122_1st 225-463 aa PF00400 WD40 261-292 aa PF12894 ANAPC4_WD40 289-359 aa PF00400 WD40 299-334 aa PF00400 WD40 338-376 aa PF12894 ANAPC4_WD40 347-399 aa PF00400 WD40 382-418 aa PF00400 WD40 430-461 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 176 208 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 216 249 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 261 292 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807859.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 289 359 1.9e-17 63.9 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 299 334 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 338 376 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807859.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 347 399 1.9e-17 63.9 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 382 418 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807859.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 430 461 5.8e-52 172.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 176 208 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 216 249 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF23381 Beta-prop_IFT122_1st Repeat 225 463 4.2e-41 141.8 IFT122 first beta-propeller
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 261 292 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 289 359 1.8e-17 64.0 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 299 334 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 338 376 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 347 399 1.8e-17 64.0 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 382 418 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807860.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 430 461 5.8e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 176 208 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 216 249 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 261 292 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 289 359 1.9e-17 64.0 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 299 334 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 338 376 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 347 399 1.9e-17 64.0 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 382 418 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807861.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 430 461 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 176 208 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 216 249 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF23381 Beta-prop_IFT122_1st Repeat 225 463 4.1e-41 141.9 IFT122 first beta-propeller
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 261 292 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 289 359 1.8e-17 64.1 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 299 334 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 338 376 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 347 399 1.8e-17 64.1 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 382 418 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057807862.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 430 461 5.6e-52 172.7 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951876.1
GGCAGAGCGAAATGACTCCTGCATTTGTCACTGTAAAAATCCATTAATTCGAATCACGTATGCTCCCCACCCCCAAAACCTTAAAACCCTAGACTGCATTCGCCATTGTTATTCAATAATGTATGCCGGTGATCCTCAGCACCACCAGCGCCCGCCGCCGGGGCCTCCGTTGCCGCCACCGCCGCAACAGCAGCACCCAAATCCCCACCAATTCATGCACCAACAGCAGCCTCATGAGTTCCAGAGGGGCCCACACCCTC...
XM_057951878.1
GCATTTGTCACTGTAAAAATCCATTAATTCGAATCACGTATGCTCCCCACCCCCAAAACCTTAAAACCCTAGACTGCATTCGCCATTGTTATTCAATAATGTATGCCGGTGATCCTCAGCACCACCAGCGCCCGCCGCCGGGGCCTCCGTTGCCGCCACCGCCGCAACAGCAGCACCCAAATCCCCACCAATTCATGCACCAACAGCAGCCTCATGAGTTCCAGAGGGGCCCACACCCTCCGCAGGGCCCACCGCCGCCG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022410
ATGTATGCCGGTGATCCTCAGCACCACCAGCGCCCGCCGCCGGGGCCTCCGTTGCCGCCACCGCCGCAACAGCAGCACCCAAATCCCCACCAATTCATGCACCAACAGCAGCCTCATGAGTTCCAGAGGGGCCCACACCCTCCGCAGGGCCCACCGCCGCCGCAGATAATGCGGCAGCCCTCTGCTTCATCCACCACTCTTAACCCTCCGCCGCCTGAATTTCACCAGCAGCACCAGCACCACCACCATCCAAACGCTCA...
LOC131022410
ATGTATGCCGGTGATCCTCAGCACCACCAGCGCCCGCCGCCGGGGCCTCCGTTGCCGCCACCGCCGCAACAGCAGCACCCAAATCCCCACCAATTCATGCACCAACAGCAGCCTCATGAGTTCCAGAGGGGCCCACACCCTCCGCAGGGCCCACCGCCGCCGCAGATAATGCGGCAGCCCTCTGCTTCATCCACCACTCTTAACCCTCCGCCGCCTGAATTTCACCAGCAGCACCAGCACCACCACCATCCAAACGCTCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807859.1
MYAGDPQHHQRPPPGPPLPPPPQQQHPNPHQFMHQQQPHEFQRGPHPPQGPPPPQIMRQPSASSTTLNPPPPEFHQQHQHHHHPNAQPPFSGPQQPYDAHADFLAAKRMRKIGQRRAVDYTSTVVRYMQIRMFQRDSKDRTVLQPTPAAAIDMLPTVAYLDNPSTSFAAKFVHTSLNKNRCSINRVLWTPSGRRLITGSQSGEFTLWNGQSFNFEMILQAHEQAVRSMIWSYNENWMVTGDDGGAIKYWQNNMNNVKANK...
XP_057807860.1
MYAGDPQHHQRPPPGPPLPPPPQQQHPNPHQFMHQQQPHEFQRGPHPPQGPPPPQIMRQPSASSTTLNPPPPEFHQQHQHHHHPNAQPPFSGPQQPYDAHADFLAAKRMRKIGQRRAVDYTSTVVRYMQIRMFQRDSKDRTVLQPTPAAAIDMLPTVAYLDNPSTSFAAKFVHTSLNKNRCSINRVLWTPSGRRLITGSQSGEFTLWNGQSFNFEMILQAHEQAVRSMIWSYNENWMVTGDDGGAIKYWQNNMNNVKANK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器