Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000531`

染色体: Chr04 坐标: 5852134-5856183 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000531`
名称	SmilChr04G000531
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.4
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5852134 - 5856183 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022414`
GeneID	`131022414`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022414`
原始查询	`SmilChr04G000531`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.4
产物	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.4
Arabidopsis	`AT3G54450` (AT3G54450) Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745964] identity=52.2; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0823500` (OSJNBb0081B07.12) - identity=43.2; qcov=0.993; evalue=2.71e-155; confidence=medium
GO	GO:0006857 (oligopeptide transport); GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00854 (PTR2); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022414

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057807865.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807865.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807865.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807865.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807865.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5852424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:5852521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:5852584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C30
`Chr4:5852629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:5852644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B12,B73,B74,C48
`Chr4:5852646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr4:5852647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr4:5852649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:5852676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:5852752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B73,B74,C48,C77
`Chr4:5852791`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:5852836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B64,B79,C17,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807865.1

545 aa

272

545

MFS_1

PTR2

PF07690 MFS_1 28-482 aa PF00854 PTR2 83-494 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807865.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	28	482	2.8e-12	46.9	Major Facilitator Superfamily
`XP_057807865.1`	Pfam	`PF00854`	PTR2	Family	83	494	8.4e-89	298.9	POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951882.1
GTGATATATGTATACATATATAAGTGTGTGAATGTGTGTATGCAAATACTACAAGCTAAAGACACAGCTAGTCCGCAAAACCTCTTATGGCTGCGAATCCCCCTTCCACCAAACCTTCCAGAGGTGGCTGGAAATCCGCCATTTTCATCATCTTTGTGGAGGTGGCGGAGAGATTTGCCTACTACGGAGTGGCCGGAAACCTGTTCATGTACCTGACGAAGGTGCTCGGCCAGCCCACCGCCACCGCCGCCAAGAGCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022414
ATGGCTGCGAATCCCCCTTCCACCAAACCTTCCAGAGGTGGCTGGAAATCCGCCATTTTCATCATCTTTGTGGAGGTGGCGGAGAGATTTGCCTACTACGGAGTGGCCGGAAACCTGTTCATGTACCTGACGAAGGTGCTCGGCCAGCCCACCGCCACCGCCGCCAAGAGCGTCAACACGTGGCAAGGCGTCGCCGCCATCTTCCCGGTGGTCGGCGGCTTCCTCGCCGACTCCTACGTCGGCCGATTCAAAACCATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807865.1
MAANPPSTKPSRGGWKSAIFIIFVEVAERFAYYGVAGNLFMYLTKVLGQPTATAAKSVNTWQGVAAIFPVVGGFLADSYVGRFKTILISSVIYLIGLILLTVAVSAVPLEARHTVFFIALYILTVGEGGHKPCVQTFAADQFDENIPQEKEAKSSFFNWWYVGIVCGATLAVLVVIYVEDYVGWSLGFGMLAAAVAAALLIFLAGSGTYSRQAPVGSPFTRLAQVVVAAVRKRRLSEGEARGVCVEDADVSMEGGAGAHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器