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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000533`

染色体: Chr04 坐标: 5907911-5921541 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000533`
名称	SmilChr04G000533
描述	DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5907911 - 5921541 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022416`
GeneID	`131022416`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022416`
原始查询	`SmilChr04G000533`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
产物	DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
Arabidopsis	`AT2G40030` (NRPD1B) nuclear RNA polymerase D1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818591] identity=49.3; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0152700` - identity=42.6; qcov=0.97; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0001055 (GO:0001055); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00623 (RNA_pol_Rpb1_2); PF04983 (RNA_pol_Rpb1_3); PF04997 (RNA_pol_Rpb1_1); PF04998 (RNA_pol_Rpb1_5); PF11523 (DUF3223)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022416

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807867.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807867.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807867.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807867.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807867.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5909076`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr4:5909092`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B42
`Chr4:5909092`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B42
`Chr4:5910867`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr4:5911481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:5911670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr4:5911871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:5911922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:5912179`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:5912241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C22
`Chr4:5912241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr4:5912551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807867.1

2096 aa

1048

2096

RNA_pol_Rpb1_1

RNA_pol_Rpb1_2

RNA_pol_Rpb1_3

RNA_pol_Rpb1_5

DUF3223

PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 13-279 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 322-476 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 480-623 aa PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 751-1175 aa PF11523 DUF3223 1855-1929 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807867.1`	Pfam	`PF04997`	RNA_pol_Rpb1_1	Domain	13	279	1e-11	45.5	RNA polymerase Rpb1, domain 1
`XP_057807867.1`	Pfam	`PF00623`	RNA_pol_Rpb1_2	Domain	322	476	5.1e-33	115.4	RNA polymerase Rpb1, domain 2
`XP_057807867.1`	Pfam	`PF04983`	RNA_pol_Rpb1_3	Domain	480	623	7.5e-09	36.4	RNA polymerase Rpb1, domain 3
`XP_057807867.1`	Pfam	`PF04998`	RNA_pol_Rpb1_5	Domain	751	1175	1.3e-07	32.1	RNA polymerase Rpb1, domain 5
`XP_057807867.1`	Pfam	`PF11523`	DUF3223	Family	1855	1929	1.8e-26	93.2	Protein of unknown function (DUF3223)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951884.1
AAAAACAACAAAAAATGCTCCAAATTTACAGGCCACACCACACCAGCAAGAAATTTAAATTCCTCGAAAAAGGAAAAATAGTAAAAGAAAAGGGGAAATTTCACATCTCCAAAGGCAAAGGCAAAGGCAAAGGCCAAACCCCTTTCTACTGCATGCAGAATTGAGTTGAAGACCCCCTTCTCACTAAAACCCCTTTCGCTTCCCCTCTCTATTTTCTCTCTCTCTACTTCCAGTTGCCGGCCGATTCCCGGACAAGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022416
ATGGAAGGCCCTTTACCACCCGCAGCATTTGAGGCGAAGATAAAAGGGATCAGATTTACTCTGGCCACTCGTCAGGAGATTTCTAAAGCATCAATCAGCGACTGCCCAATCAGCCATGCCAGCCAGCTGTCAAATCCATTTCTTGGCCTGCCACTTGATAGTGGCAAATGCGAGTCTTGCGGCACGGGTGAGGCTGGGCAATGTGAAGGCCATTTTGGATACATCGACTTGCCAACTCCTATTTACCATCCCGATCATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807867.1
MEGPLPPAAFEAKIKGIRFTLATRQEISKASISDCPISHASQLSNPFLGLPLDSGKCESCGTGEAGQCEGHFGYIDLPTPIYHPDHVGELKRMLSLLCLKCLKFKNRKVNSNGVIENLLSSCCEEASQISINEAKTSDGAYYLELKLPSKSRPKHGCWNFLEKYGFRYGDMNSRPLLASEVAAMLRKIPQETRKKLSARGYYPQEGYILQYLSVPPNCLSVPDVSDGISTMSTDYSITLLKKVLRQVEIIKNSRSGNANF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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