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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000572`

染色体: Chr04 坐标: 6389163-6398797 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000572`
名称	SmilChr04G000572
描述	THO complex subunit 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6389163 - 6398797 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022455`
GeneID	`131022455`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022455`
原始查询	`SmilChr04G000572`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	THO complex subunit 1-like
产物	THO complex subunit 1-like
Arabidopsis	`AT5G09860` (THO1) nuclear matrix protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830846] identity=72; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0110400` - identity=66.5; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000445 (THO complex part of transcription export complex); GO:0006406 (mRNA export from nucleus); GO:0032784 (regulation of DNA-templated transcription elongation)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF11957 (efThoc1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807923.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057807924.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057807923.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807923.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807923.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6389290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B56,B7,B96
`Chr4:6389290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B7,B96
`Chr4:6390200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B31,B41,B66,C79
`Chr4:6390648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr4:6395018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B24
`Chr4:6395756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr4:6396629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr4:6397280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B41
`Chr4:6398449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807923.1

603 aa

302

603

efThoc1

PF11957 efThoc1 91-513 aa

XP_057807924.1

589 aa

294

589

efThoc1

PF11957 efThoc1 91-499 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807923.1`	Pfam	`PF11957`	efThoc1	Family	91	513	1.1e-98	331.8	THO complex subunit 1 transcription elongation factor
`XP_057807924.1`	Pfam	`PF11957`	efThoc1	Family	91	499	2.9e-93	313.9	THO complex subunit 1 transcription elongation factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951940.1
TTTTTATCTCATTCCTATTTAAGATTAAAATTTAAACGAAAAGAAATAAGTGAAAGAAAGTGAATTCATATTTGTGAGCTCCTCCACCGCTGCGATAACAATAATGCGGTCTCTCTGAATGATTTCTCAGCTTCATCACAAGATGGATTTATTCAGGAAAGCAATTCTGAATCCAGGGCTGCCTGAAGATTTCGCGCTCCAGACTGTGCAGCAAGTTATAAAACCCCAGAAGCAGGTGAAACTCGTTCAAGATGAAAATA...

XM_057951941.1
TTTTTATCTCATTCCTATTTAAGATTAAAATTTAAACGAAAAGAAATAAGTGAAAGAAAGTGAATTCATATTTGTGAGCTCCTCCACCGCTGCGATAACAATAATGCGGTCTCTCTGAATGATTTCTCAGCTTCATCACAAGATGGATTTATTCAGGAAAGCAATTCTGAATCCAGGGCTGCCTGAAGATTTCGCGCTCCAGACTGTGCAGCAAGTTATAAAACCCCAGAAGCAGGTGAAACTCGTTCAAGATGAAAATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022455
ATGATTTCTCAGCTTCATCACAAGATGGATTTATTCAGGAAAGCAATTCTGAATCCAGGGCTGCCTGAAGATTTCGCGCTCCAGACTGTGCAGCAAGTTATAAAACCCCAGAAGCAGGTGAAACTCGTTCAAGATGAAAATATGTTGTTGGAAAATATTCTGCGGACTTTGCTTCAAGAATTGGTGTCAGCTGCAGTTCAGTCAGGTGAGGCAACTATGCATTATGGTCAGTCGATAGCTGATGAGGATGCACGTCCTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807923.1
MISQLHHKMDLFRKAILNPGLPEDFALQTVQQVIKPQKQVKLVQDENMLLENILRTLLQELVSAAVQSGEATMHYGQSIADEDARPGQIPRLLDIVLYLCEKEHIEGGMIFQLLEDLTEMSTMRNCKDIFGYIESKQDILGKPELFARGKLVMLRTCNQLLRRLSKANDVVFCGRIIMFLAHFFPLSERSAVNIKGVFNTSNETKYEKEAPESSSIDFNFYKTFWSLQESFSNPASLASTVTKWQKFTSSLMVVLNTFEA...

XP_057807924.1
MISQLHHKMDLFRKAILNPGLPEDFALQTVQQVIKPQKQVKLVQDENMLLENILRTLLQELVSAAVQSGEATMHYGQSIADEDARPGQIPRLLDIVLYLCEKEHIEGGMIFQLLEDLTEMSTMRNCKDIFGYIESKQDILGKPELFARGKLVMLRTCNQLLRRLSKANDVVFCGRIIMFLAHFFPLSERSAVNIKGVFNTSNETKYEKEAPESSSIDFNFYKTFWSLQESFSNPASLASTVTKWQKFTSSLMVVLNTFEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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