Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000587

染色体: Chr04 坐标: 6539145-6540464 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000587
名称SmilChr04G000587
描述cytosolic sulfotransferase 15-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6539145 - 6540464 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022469
GeneID131022469
locus_tag-
NCBI NameLOC131022469
原始查询SmilChr04G000587

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytosolic sulfotransferase 15-like
产物cytosolic sulfotransferase 15-like
ArabidopsisAT5G07010 (ST2A)
sulfotransferase 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830592]
identity=52.9; qcov=0.962; evalue=6.84e-132; confidence=high
RiceOs04g0526300
-
identity=44.9; qcov=0.876; evalue=4.39e-91; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0008146 (sulfotransferase activity); GO:0051923 (sulfation)
KEGG-
PfamPF00685 (Sulfotransfer_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807945.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807945.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807945.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807945.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807945.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6539404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B60
Chr4:6539539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C22,C44
Chr4:6539645 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 A20,C19,C54
Chr4:6539645 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 A20,C19,C54
Chr4:6539670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B46,C37,C78,D9
Chr4:6539690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:6539716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr4:6539722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B66,C79
Chr4:6539824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B75,B76,C32,C68,D11
Chr4:6539885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:6540115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807945.1
338 aa
N
1
169
338
Sulfotransfer_1
C
PF00685 Sulfotransfer_1 71-332 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807945.1 Pfam PF00685 Sulfotransfer_1 Domain 71 332 4.9e-70 236.6 Sulfotransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951962.1
ATGGATCTCCATATTTCTTGATTTTTGCATCACATTGAGAAGAAAAAAAATAAAGAAAGAAGAATCTTGGAAAAATGGGCATCACCAAAATCCTAGAAAACCAACCCAACACACGATCACCAGCTGAGCTAGATGAAGTAACCCAAGAATGCAGAGAATTGCTCATCACACTCCCAAAAGAGAGAGGTTGGAGAACTTCAAATATCTATCTGTATCAAAAATTTTGGTGCCAACCAAAAGAAATCGAAGCCATCATCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022469
ATGGGCATCACCAAAATCCTAGAAAACCAACCCAACACACGATCACCAGCTGAGCTAGATGAAGTAACCCAAGAATGCAGAGAATTGCTCATCACACTCCCAAAAGAGAGAGGTTGGAGAACTTCAAATATCTATCTGTATCAAAAATTTTGGTGCCAACCAAAAGAAATCGAAGCCATCATCTCCATGCAAAAGCACTATATTGCGGAAGACTCCGATATCATAGTCTCCACCATCCCGAAATCCGGCACCACGTGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807945.1
MGITKILENQPNTRSPAELDEVTQECRELLITLPKERGWRTSNIYLYQKFWCQPKEIEAIISMQKHYIAEDSDIIVSTIPKSGTTWLKALCFAVANRCLYAGHNTTHPLLTFNSHMLVPFLEYKLFANQEIPDMSRLPRPHLVGTHVPVGALPDSVRESQCKIVYMVRNPFDTFVSIWHFMSKLRPDSMGPLSFQEVFDMYCRGTIGFGPYWDHMLGYWHESLRNPNKVLFLRYEEMKENAGFHLRKLANFLGFPFSAEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器