当前解析结果
SmilChr04G000587| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000587 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000587 |
| 描述 | cytosolic sulfotransferase 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 6539145 - 6540464 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022469 |
|---|---|
| GeneID | 131022469 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022469 |
| 原始查询 | SmilChr04G000587 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytosolic sulfotransferase 15-like |
| 产物 | cytosolic sulfotransferase 15-like |
| Arabidopsis | AT5G07010 (ST2A)sulfotransferase 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830592] identity=52.9; qcov=0.962; evalue=6.84e-132; confidence=high |
| Rice | Os04g0526300- identity=44.9; qcov=0.876; evalue=4.39e-91; confidence=medium |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008146 (sulfotransferase activity); GO:0051923 (sulfation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00685 (Sulfotransfer_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022469 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057807945.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057807945.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807945.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807945.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807945.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:6539404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,B60 |
Chr4:6539539 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C18,C22,C44 |
Chr4:6539645 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A20,C19,C54 |
Chr4:6539645 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A20,C19,C54 |
Chr4:6539670 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B46,C37,C78,D9 |
Chr4:6539690 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:6539716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,B79 |
Chr4:6539722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B31,B66,C79 |
Chr4:6539824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B75,B76,C32,C68,D11 |
Chr4:6539885 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:6540115 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807945.1PF00685
Sulfotransfer_1 71-332 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807945.1 |
Pfam | PF00685 |
Sulfotransfer_1 | Domain | 71 | 332 | 4.9e-70 | 236.6 | Sulfotransferase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。