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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000589`

染色体: Chr04 坐标: 6559586-6578686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000589`
名称	SmilChr04G000589
描述	DNA-directed RNA polymerase III subunit 2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6559586 - 6578686 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022470`
GeneID	`131022470`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022470`
原始查询	`SmilChr04G000589`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase III subunit 2-like
产物	DNA-directed RNA polymerase III subunit 2-like
Arabidopsis	`AT5G45140` (NRPC2) nuclear RNA polymerase C2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834550] identity=74.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0403100` - identity=70.2; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0032549 (ribonucleoside binding)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00562 (RNA_pol_Rpb2_6); PF04560 (RNA_pol_Rpb2_7); PF04561 (RNA_pol_Rpb2_2); PF04563 (RNA_pol_Rpb2_1); PF04565 (RNA_pol_Rpb2_3); PF04566 (RNA_pol_Rpb2_4); PF04567 (RNA_pol_Rpb2_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022470

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807946.1`
2	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057807946.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057807946.1`
4	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057807946.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057807946.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6561457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr4:6561830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87
`Chr4:6565402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B7,B96
`Chr4:6570202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B140,B70,C13
`Chr4:6573509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,A22,B140,B70,C13
`Chr4:6575202`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807946.1

1154 aa

577

1154

RNA_pol_Rpb2_1

RNA_pol_Rpb2_2

RNA_pol_Rpb2_3

RNA_pol_Rpb2_4

RNA_pol_Rpb2_5

RNA_pol_Rpb2_6

RNA_pol_Rpb2_7

PF04563 RNA_pol_Rpb2_1 48-407 aa PF04561 RNA_pol_Rpb2_2 192-373 aa PF04565 RNA_pol_Rpb2_3 448-512 aa PF04566 RNA_pol_Rpb2_4 549-609 aa PF04567 RNA_pol_Rpb2_5 631-663 aa PF00562 RNA_pol_Rpb2_6 678-1057 aa PF04560 RNA_pol_Rpb2_7 1059-1149 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF04563`	RNA_pol_Rpb2_1	Family	48	407	7.7e-52	176.5	RNA polymerase beta subunit
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF04561`	RNA_pol_Rpb2_2	Domain	192	373	6.7e-22	78.8	RNA polymerase Rpb2, domain 2
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF04565`	RNA_pol_Rpb2_3	Domain	448	512	1e-19	71.2	RNA polymerase Rpb2, domain 3
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF04566`	RNA_pol_Rpb2_4	Domain	549	609	3.8e-22	78.9	RNA polymerase Rpb2, domain 4
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF04567`	RNA_pol_Rpb2_5	Domain	631	663	3.1e-07	31.9	RNA polymerase Rpb2, domain 5
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF00562`	RNA_pol_Rpb2_6	Domain	678	1057	6.5e-138	460.6	RNA polymerase Rpb2, domain 6
`XP_057807946.1`	Pfam	`PF04560`	RNA_pol_Rpb2_7	Domain	1059	1149	5e-31	107.7	RNA polymerase Rpb2, domain 7

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951963.1
CCCGCCCCGCCACCTTTCTCAATCTCTCATTCTCTCTTCCGCCGTCCTCTCCTTCTCTCTCTGGGTATCAACAAGTTCGAGATGGTAGTGAGAGAAGACGACCCAGCTTTGTTCAATGATTTACTGGAGAAAGGACTGGGAATTGATAAACAAGCTCTTGCGGCCCCGGTGAAGAATGCAGTTGACAAGTTCCAATTAGTCCCTGAATTCTTGAAGGTGAGAGGTCTTGTCAAACAACATTTGGACTCCTTTAATTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022470
ATGGTAGTGAGAGAAGACGACCCAGCTTTGTTCAATGATTTACTGGAGAAAGGACTGGGAATTGATAAACAAGCTCTTGCGGCCCCGGTGAAGAATGCAGTTGACAAGTTCCAATTAGTCCCTGAATTCTTGAAGGTGAGAGGTCTTGTCAAACAACATTTGGACTCCTTTAATTTCTTTGTACGGACGGGGATAAAAAAGATTGTTCAAGCCAATAATCTCATCACCTGCCGAGACCCAAATATTTATTTGAGATACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807946.1
MVVREDDPALFNDLLEKGLGIDKQALAAPVKNAVDKFQLVPEFLKVRGLVKQHLDSFNFFVRTGIKKIVQANNLITCRDPNIYLRYKDVRIGEPSMMGDTVTDLLNPQKCRLYDITYAAPIYVNIEYSNGNYDGNRIQMKKNVIIGRLPIMLKSCCCVLYGKDEEELARYGECPLDPGGYFIVKGTEKVILMQEQLSKNRIIIDVDKKGCVQASVTSSSEIKKSKTVIRFEKEKIYLQLTGFTSKVPIMIVLKAMGMESD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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