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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000604

染色体: Chr04 坐标: 6829232-6835951 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000604
名称SmilChr04G000604
描述65-kDa microtubule-associated protein 5
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6829232 - 6835951 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022483
GeneID131022483
locus_tag-
NCBI NameLOC131022483
原始查询SmilChr04G000604

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述65-kDa microtubule-associated protein 5
产物65-kDa microtubule-associated protein 5
ArabidopsisAT2G38720 (MAP65-5)
microtubule-associated protein 65-5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818454]
identity=56.5; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0409400
-
identity=53.6; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005819 (spindle); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF03999 (MAP65_ASE1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057807970.1
2 Spindle Spindle 0.80000 XP_057807970.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057807970.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057807970.1
5 Phragmoplast Phragmoplast 0.60000 XP_057807970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6830430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr4:6830924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,C85
Chr4:6830926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B100,B110,B118,B85
Chr4:6832631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B130,B45,C74
Chr4:6833526 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B26
Chr4:6833526 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B26
Chr4:6833604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B23
Chr4:6833758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:6834509 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 10 B112,B117,B135,B137,B54,B86,B9,B90,C43,C82
Chr4:6834522 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 11 B112,B117,B119,B135,B137,B54,B86,B9,B90,C43,C82
Chr4:6834572 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 8 B117,B119,B135,B137,B54,B9,B90,C82
Chr4:6834962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807970.1
573 aa
N
1
286
573
MAP65_ASE1
C
PF03999 MAP65_ASE1 26-517 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807970.1 Pfam PF03999 MAP65_ASE1 Family 26 517 6e-71 240.3 Microtubule associated protein (MAP65/ASE1 family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951987.1
TCGCATTTCCCCGTGGTTTGAGATGGAAAGTTGCAACAAATTTAAAAGAATCGAGAAACTATATAAAAACCGAAGGAAATCGAATTATTCCCGCCAAATAAGCTTCTGAAATTTCAGCGAATTTCCGATAAAGCCCTCGCTCCCTTTTCCGTTTCCCGTCTCCTCCTCCCTGCAAAAATTCGAATCTGCAGCAATTATTGCTTTTACTACAATTTTTGCAAAATCAAATTGTATCCCTAAATGGGAACGAAGATCACAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022483
ATGTCTATTGCTACTATTGGTGGGAATATGTCTTCGCCGCTGTCTCTGTCGAAATCCGCCACCACAACCTGCGCTTCTCTCCTTTGCGAACTGCAGGAAATATGGGATGAAATTGGAGAAAGTGAAACTGAGAGGGATAAAATGCTTCTTCAGTTGGAGCAGGAATGCCTTGATATATATCGTACGAAGGTAGAAAGAAGCAGGAAGTACAAAGCTGAGTTACAGCGGTCCTTGGCCGACTTTGAAGCTGAAATCGCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807970.1
MSIATIGGNMSSPLSLSKSATTTCASLLCELQEIWDEIGESETERDKMLLQLEQECLDIYRTKVERSRKYKAELQRSLADFEAEIAQLTSALGERVSVPRYEKMDGNLKHQISIISPTLESLRLKRQERVKEISELEFQIAVISAEIAGTDEVLDPSGIQVDEVDLTTKKLGELKSHLQELQFEKNLRLQKVSGHISVIHGLSVVMSLDFKKIMAKIHPSFVDTVVGQSKSISNEVLARLTSEMNSLKQEKQQRLLQAQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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