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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000613

染色体: Chr04 坐标: 6923109-6923948 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000613
名称SmilChr04G000613
描述zinc finger protein 3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6923109 - 6923948 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022912
GeneID131022912
locus_tag-
NCBI NameLOC131022912
原始查询SmilChr04G000613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 3-like
产物zinc finger protein 3-like
ArabidopsisAT5G10970 (AT5G10970)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830964]
identity=35.1; qcov=0.613; evalue=2.65e-16; confidence=low
RiceOs07g0593000 (OsZFP7)
-
identity=42.7; qcov=0.294; evalue=7.14e-12; confidence=weak
GOGO:0009788 (negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022912

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808436.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808436.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808436.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808436.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808436.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6923156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr4:6923190 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:6923210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,B77
Chr4:6923211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B98,C18,C22,C44
Chr4:6923215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B53,D10
Chr4:6923321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr4:6923411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr4:6923510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr4:6923623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr4:6923700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr4:6923737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952453.1
ATGGAATCCCTCGAGCCATGCCACTCCGAGGCCTCCAATATTTCAGTCACATCAAAAGATAATAAGACGATCGAGGAAGACGAGAAGGAAGAAGAAGAATACGGCACGAGATATGAGACCACATCGCGTGTCGTGCTAGATCTCGAAATGGCAAACACCGAGTTGATGAACAAAAGAAACCCTAATTCAAAACTCCACGAGCTTAATCTTTTCGACTCTCTTAACCCTAGCGAGTCCACCGAGGAGGGTCGTAACCCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022912
ATGGAATCCCTCGAGCCATGCCACTCCGAGGCCTCCAATATTTCAGTCACATCAAAAGATAATAAGACGATCGAGGAAGACGAGAAGGAAGAAGAAGAATACGGCACGAGATATGAGACCACATCGCGTGTCGTGCTAGATCTCGAAATGGCAAACACCGAGTTGATGAACAAAAGAAACCCTAATTCAAAACTCCACGAGCTTAATCTTTTCGACTCTCTTAACCCTAGCGAGTCCACCGAGGAGGGTCGTAACCCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808436.1
MESLEPCHSEASNISVTSKDNKTIEEDEKEEEEYGTRYETTSRVVLDLEMANTELMNKRNPNSKLHELNLFDSLNPSESTEEGRNPKPSKSKTFTCNFCWREFSTSQALGGHQNAHKQERALAKHRHNMVDLTAAPGAPPPPYGHQLQGYSYYPYSTFHQQLPNFYGGFNRSHGVRSQSNMIQKPYSYHQSPSLSPSPLAYCLTREKMPRANYMIDPSTSSSSTPDYGMKMENFQSHKFDFGVINPNPSTKTNEDDKRLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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