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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000615

染色体: Chr04 坐标: 6940080-6959452 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000615
名称SmilChr04G000615
描述uncharacterized SmilChr04G000615
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6940080 - 6959452 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022474
GeneID131022474
locus_tag-
NCBI NameLOC131022474
原始查询SmilChr04G000615

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830499]; symbol=AT5G06120; hit=AT5G06120; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830499]; symbol=AT5G06120; hit=AT5G06120; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G06120 (AT5G06120)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830499]
identity=79.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0616700
-
identity=73.8; qcov=0.584; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005049 (nuclear export signal receptor activity); GO:0005643 (nuclear pore); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006611 (protein export from nucleus); GO:0031267 (small GTPase binding)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03810 (IBN_N); PF25795 (TPR_XPO7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022474

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807952.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807952.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057807952.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057807952.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057807959.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6940656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:6940670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C37
Chr4:6940671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B98,C18,C22,C44
Chr4:6940725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:6942153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:6942168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:6943522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:6943542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:6945888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:6945894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B114,B15,C7,C76
Chr4:6947345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B28,C3
Chr4:6949460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B15,C7,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807952.1
1052 aa
N
1
526
1052
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-652 aa
XP_057807953.1
1052 aa
N
1
526
1052
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-652 aa
XP_057807954.1
1052 aa
N
1
526
1052
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-652 aa
XP_057807955.1
1052 aa
N
1
526
1052
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-652 aa
XP_057807957.1
1052 aa
N
1
526
1052
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-652 aa
XP_057807958.1
1052 aa
N
1
526
1052
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-652 aa
XP_057807959.1
1051 aa
N
1
526
1051
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-651 aa
XP_057807960.1
1051 aa
N
1
526
1051
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-651 aa
XP_057807961.1
1051 aa
N
1
526
1051
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-651 aa
XP_057807962.1
1051 aa
N
1
526
1051
IBN_N
TPR_XPO7
C
PF03810 IBN_N 26-89 aa PF25795 TPR_XPO7 412-651 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807952.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.5e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807952.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 652 8.8e-94 313.9 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807953.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.5e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807953.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 652 8.8e-94 313.9 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807954.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.5e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807954.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 652 8.8e-94 313.9 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807955.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.5e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807955.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 652 8.8e-94 313.9 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807957.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.5e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807957.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 652 8.8e-94 313.9 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807958.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.5e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807958.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 652 8.8e-94 313.9 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807959.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.6e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807959.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 651 5.8e-95 317.8 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807960.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.6e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807960.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 651 5.8e-95 317.8 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807961.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.6e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807961.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 651 5.8e-95 317.8 Exportin-7-like, TPR domain
XP_057807962.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 26 89 6.6e-09 36.4 Importin-beta N-terminal domain
XP_057807962.1 Pfam PF25795 TPR_XPO7 Repeat 412 651 5.8e-95 317.8 Exportin-7-like, TPR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951977.1
TGCGTTTTTTTTGACTCTCTGATCTGTACGCACACCTTTTGTGTGCGTTTCTCTCTCTCATACAAATTCAATACAGTTATTCTCTACCTCTGGCCTGCTTTATATTTTCCCAAAAGATAAATATTTTTGAAATAATCGCTTAGGAATCTAAGAATTTATTCGGGTCCGATCGCTGATAAATTCTTTTTTCTCCAATTGAGCTGATAACTTCGAGGTTCTTCTGCAAACTGATATTGGATTGGATGAGTGCGGGTCCTTGA...
XM_057951971.1
TGCGTTTTTTTTGACTCTCTGATCTGTACGCACACCTTTTGTGTGCGTTTCTCTCTCTCATACAAATTCAATACAGTTATTCTCTACCTCTGGCCTGCTTTATATTTTCCCAAAAGATAAATATTTTTGAAATAATCGCTTAGGAATCTAAGAATTTATTCGGGTCCGATCGCTGATAAATTCTTTTTTCTCCAATTGAGCTGATAACTTCGAGGTTCTTCTGCAAACTGATATTGGATTGGATGAGTGCGGGTCCTTGA...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131022474
ATGGAGAGCTTAGCGCAGCTGGAACTGTTGTGTGAAAGACTTTATAACTCACAAGACTCAACAGAAAGGACACATGCCGAGAACACTCTGAAATGCTTTTCCACAAATATTGATTATATTTCACAGTGTCAGTATATTCTGGACAATGCTTTGACCCCTTATGCGTTGATGCTGGCTAGTTCAAGCTTGTTGAAGCAAGTGACTGAGCATAGTCTATCCTTGCAGCTTCGCCTTGATATCCGAAATTATCTTGTAAACTA...
LOC131022474
ATGGAGAGCTTAGCGCAGCTGGAACTGTTGTGTGAAAGACTTTATAACTCACAAGACTCAACAGAAAGGACACATGCCGAGAACACTCTGAAATGCTTTTCCACAAATATTGATTATATTTCACAGTGTCAGTATATTCTGGACAATGCTTTGACCCCTTATGCGTTGATGCTGGCTAGTTCAAGCTTGTTGAAGCAAGTGACTGAGCATAGTCTATCCTTGCAGCTTCGCCTTGATATCCGAAATTATCTTGTAAACTA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057807952.1
MESLAQLELLCERLYNSQDSTERTHAENTLKCFSTNIDYISQCQYILDNALTPYALMLASSSLLKQVTEHSLSLQLRLDIRNYLVNYLANRGPELQPFVIGSLVQLLCRLTKFGWFDDDRFRDVAKESINFLSQATSDHYAIGLKILNQLVCEMNQANPGLPSSHHRRVACSFRDQCLFQIFQISLTSLHQLKNDANSRLQELALSLSLKCLSFDFVGTSIDESSEEFGTVQIPSSWKPILEESSTLQIYFDYYALSKPP...
XP_057807953.1
MESLAQLELLCERLYNSQDSTERTHAENTLKCFSTNIDYISQCQYILDNALTPYALMLASSSLLKQVTEHSLSLQLRLDIRNYLVNYLANRGPELQPFVIGSLVQLLCRLTKFGWFDDDRFRDVAKESINFLSQATSDHYAIGLKILNQLVCEMNQANPGLPSSHHRRVACSFRDQCLFQIFQISLTSLHQLKNDANSRLQELALSLSLKCLSFDFVGTSIDESSEEFGTVQIPSSWKPILEESSTLQIYFDYYALSKPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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