Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000623`

染色体: Chr04 坐标: 7083562-7089291 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000623`
名称	SmilChr04G000623
描述	uncharacterized SmilChr04G000623
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	7083562 - 7089291 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022916`
GeneID	`131022916`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022916`
原始查询	`SmilChr04G000623`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=24.1; qcov=1.09; evalue=2.67e-34; confidence=weak
Rice	`gene-orf258` (orf258) - identity=27.3; qcov=0.441; evalue=1.62e-12; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808441.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808441.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057808441.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808441.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808441.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:7083564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,C73,D10
`Chr4:7083581`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	B105,B126,B130,B137,B33,B45,B90,C19,C2,C75
`Chr4:7083595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:7083613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:7083614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C41,C81
`Chr4:7083618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B110,B123,C28,C66,C79
`Chr4:7083618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B123,C28,C66,C79
`Chr4:7083620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C67
`Chr4:7083638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B123,C28,C66,C79
`Chr4:7083693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr4:7083729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A11,B23
`Chr4:7083729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808441.1

465 aa

232

465

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 183-254 aa PF13456 RVT_3 353-442 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808441.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	183	254	8.9e-13	49.4	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057808441.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	353	442	6.7e-20	72.0	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952458.1
ATGGGATTCAGAGATATCGGTTTATTTAACCAGGCAATGTTGGCAAAACAGGCGTGGCGAATTCTGCAGAATGGATCCACTTTGTTAGCTCGATCTCTCAAAGCAAGATATTTCCCTCGAGCGGACATCCTCCTTGCTAGTAAAGCCCATAATCCATCTTTTGTATGGAAAAGCTTACTAGTTGGACGTGATCTCCTTGTTGAAGGAATTGCTTGGCGAATGGGGGATGGTTCTAGAATTCGTATTGGGTTGGATGCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022916
ATGGGATTCAGAGATATCGGTTTATTTAACCAGGCAATGTTGGCAAAACAGGCGTGGCGAATTCTGCAGAATGGATCCACTTTGTTAGCTCGATCTCTCAAAGCAAGATATTTCCCTCGAGCGGACATCCTCCTTGCTAGTAAAGCCCATAATCCATCTTTTGTATGGAAAAGCTTACTAGTTGGACGTGATCTCCTTGTTGAAGGAATTGCTTGGCGAATGGGGGATGGTTCTAGAATTCGTATTGGGTTGGATGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808441.1
MGFRDIGLFNQAMLAKQAWRILQNGSTLLARSLKARYFPRADILLASKAHNPSFVWKSLLVGRDLLVEGIAWRMGDGSRIRIGLDAWLPDGFGKFQTARVHDRWANYRVADLLLDNQPSWDMSKLANILPGEDLWKFTDNLSVNPSIPDRPFWPSGRSNMYSVKFGYLLACSLRNRNLASTSIDNTSLWNWVWALEVIPKVKFFLWKSLVGALPTSGALLDRSISVDPIYRRCGEDMETTEHALRDCPWVAFLWETSPLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器